求助：蛋白配体复合物模拟过程中用acpype处理小分子mol2文件报错

松果seven · 发表于 Post on 2022-11-22 23:48:11

请问各位老师：
我在使用acpype生成小分子的拓扑文件，出现下面的报错，请问该如何解决（附带有我的配体分子结构和mol2文件）
【跟着sob老师在北京的课件，跑过3ATL，里面BEN.mol2这一步是完全可以跑出来的】
============================================================================
| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2022 AWSdS |
============================================================================
DEBUG: Python Version 2.7.5
DEBUG: Max execution time tolerance is 10h
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
DEBUG: /xlx/amber18/bin/antechamber -i l_anti.mol2 -fi mol2 -o tmp -fo ac -pf y
DEBUG:
Welcome to antechamber 17.3: molecular input file processor.

acdoctor mode is on: check and diagnosis problems in the input file.
-- Check Format for mol2 File --
Status: pass
-- Check Unusual Elements --
Status: pass
-- Check Open Valences --
Warning: The number of bonds (2) for atom (ID: 8, Name: O8) does not match
      the connectivity (1) for atom type (O) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
Warning: The number of bonds (2) for atom (ID: 17, Name: O17) does not match
      the connectivity (1) for atom type (O) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
Warning: The number of bonds (4) for atom (ID: 21, Name: S21) does not match
      the connectivity (2) for atom type (S) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
Warning: The number of bonds (4) for atom (ID: 27, Name: C27) does not match
      the connectivity (3) for atom type (C) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
Warning: The number of bonds (4) for atom (ID: 33, Name: C33) does not match
      the connectivity (3) for atom type (C) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
Warning: The number of bonds (4) for atom (ID: 44, Name: C44) does not match
      the connectivity (3) for atom type (C) defined in CORR_NAME_TYPE.DAT.
But, you may safely ignore the warnings if your molecule
      uses atom names or element names as atom types.
-- Check Geometry --
   for those bonded
   for those not bonded
Status: pass
-- Check Weird Bonds --
/xlx/amber18/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
Weird atomic valence (3) for atom (ID: 15, Name: C15).
   Possible open valence.
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
  File "./acpype.py", line 3558, in <module>
is_sorted=options.sorted, chiral=options.chiral)
  File "./acpype.py", line 3155, in __init__
self.setResNameCheckCoords()
  File "./acpype.py", line 673, in setResNameCheckCoords
tmpFile = open('tmp', 'r')
Total time of execution: less than a second

下面是我的配体结构：

我的mol2文件：

l_anti.mol2 (2.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-23 00:08:21

acpype已经过时了，用sobtop强得多，看http://sobereva.com/soft/Sobtop

早期的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里用acpype的地方，在最新一期里大多都已经替换成了sobtop了

松果seven · 发表于 Post on 2022-11-23 09:40:56

sobereva 发表于 2022-11-23 00:08
acpype已经过时了，用sobtop强得多，看http://sobereva.com/soft/Sobtop

早期的北京科音分子动力学与GRO ...

好的，谢谢老师

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-11-23 10:50:10

acpype对于未明确定义的成键项参数怎么生成的，和sobtop猜的似乎差不少

wanwan5339 · 发表于 Post on 2024-5-9 00:21:28

sobereva 发表于 2022-11-23 00:08
acpype已经过时了，用sobtop强得多，看http://sobereva.com/soft/Sobtop

早期的北京科音分子动力学与GRO ...

老师，使用sobtop之前，需要对我的结果进行优化，但是我的结构需要有特定的坐标（分子对接得到的坐标），经过分子优化，坐标必定发生改变，这个时候我继续生成拓扑文件，能不能在生成.gro等文件里把坐标替换成我分子对接里得到的坐标呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-10 07:31:38

wanwan5339 发表于 2024-5-9 00:21
老师，使用sobtop之前，需要对我的结果进行优化，但是我的结构需要有特定的坐标（分子对接得到的坐标）， ...

如果是让sobtop指认GAFF原子类型和GAFF的力场参数，完全不依赖于几何结构，仅看连接关系
RESP电荷会受到构象影响，用什么结构看此文最后一节
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

wanwan5339 · 发表于 Post on 2024-5-10 11:51:53

本帖最后由 wanwan5339 于 2024-5-10 11:52 编辑

sobereva 发表于 2024-5-10 07:31
如果是让sobtop指认GAFF原子类型和GAFF的力场参数，完全不依赖于几何结构，仅看连接关系
RESP电荷会受到 ...

老师，我看完后还是不太明白。
我对接得到的结构会因为分子优化而改变它的坐标以及构象。这个时候我生成的RESP电荷和拓扑文件都是基于优化后的分子构型坐标得到的。这样我的对接结果就没有意义了。
我对接的结果该拿什么软件进行分子优化才能不改变它的坐标呢?还是说我生成拓扑文件后，在文件里改成对接的时得到的坐标？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-10 16:56:25

wanwan5339 发表于 2024-5-10 11:51
老师，我看完后还是不太明白。
我对接得到的结构会因为分子优化而改变它的坐标以及构象。这个时候我生成 ...

不改变坐标还优化什么
不想改变坐标就不优化
用什么结构算RESP电荷，441博文末尾该说的都说了

wanwan5339 · 发表于 Post on 2024-5-11 00:23:37

sobereva 发表于 2024-5-10 16:56
不改变坐标还优化什么
不想改变坐标就不优化
用什么结构算RESP电荷，441博文末尾该说的都说了

很抱歉，老师。学生笨拙，我还想问您一下，您在这里提到“以对接得到的结构为初猜结构做个常规的配体分子的几何优化，然后算RESP电荷”，这样的话不还是需要Gaussian进行几何优化吗，如果进行几何优化我的配体坐标和构象还是会改变呀？

我现在还是不明白这个问题。而且我在sobtop里bonded项会基于Hessian计算，这个时候还需要fchk文件，如果不进行结构优化，我也没办法得到这个文件。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-11 00:25:37

wanwan5339 发表于 2024-5-11 00:23
很抱歉，老师。学生笨拙，我还想问您一下，您在这里提到“以对接得到的结构为初猜结构做个常规的配体分子 ...

当然会变。难道MD过程中构象都不变？为什么不能变？
普通有机配体根本就不需要基于Hessian去计算力常数，认真把sobtop主页的例子和FAQ部分看完整

wanwan5339 · 发表于 Post on 2024-5-11 01:01:39

sobereva 发表于 2024-5-11 00:25
当然会变。难道MD过程中构象都不变？为什么不能变？
普通有机配体根本就不需要基于Hessian去计算力常数 ...

好的，十分感谢老师解答我的疑惑

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