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[波函数分析求助] 晶体中无完整分子绘制电子密度图问题

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请教下各位老师,我的晶胞里面没有完整的分子,在绘制电子密度图的时候电子结果和我预想的不一样,想请问下这个情况要怎么解决,如果进行几何操作的话,这个波函数是不是就不是原来的波函数了?
另外,手册说明的cube文件包含原子坐标和格点数据,如果得到电子电荷密度的cube,还能做其他操作吗,还是只能进行绘图

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发表于 Post on 2024-5-7 14:36:01 | 只看该作者 Only view this author
说清楚“手册”指什么手册、什么程序绘制,当前描述完全莫名其妙
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
把晶胞结构图明确给出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-7 17:16:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-7 14:36
说清楚“手册”指什么手册、什么程序绘制,当前描述完全莫名其妙
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题 ...

不好意思,sobereva老师,因为有时候打M u l t i w f n会因为包含不良信息发不出去,所以没有写上去
以下我的晶胞结构,它在单胞中是没有完整分子结构的,我在使用CRYSPLOT(https://crysplot.crystalsolutions.eu/page_topond.html)绘制电子密度的时候,这个图像显示不太完整
后面我在CRYSTAL的PL3D绘制中得到了cube文件,看到M u l t i f w n手册支持使用格点数据进行拓扑分析,但是M u l t i f w n在进行临界点搜索的时候却显示临界点为零,我猜测可能是因为输出的cube文件和标准的cube文件不一样,但是也不太确定

单胞.png (54.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

单胞

单胞

电子密度.png (312.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

电子密度图

电子密度图

cube文件进行临界点搜索.png (29.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

临界点搜索截图

临界点搜索截图

3DRHOO.7z

406.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2024-5-7 17:21:36 | 只看该作者 Only view this author
正交晶胞平移一下就行了啊
感谢每位帮助过我的人

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-7 17:47:46 | 只看该作者 Only view this author
luchen 发表于 2024-5-7 17:21
正交晶胞平移一下就行了啊

您好,请问一下平移是指扩胞还是什么呢,我这个是单斜晶系,也可以吗

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发表于 Post on 2024-5-8 20:20:30 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-7 17:16
不好意思,sobereva老师,因为有时候打M u l t i w f n会因为包含不良信息发不出去,所以没有写上去
以 ...

发不出去是因为你根本没拼对Multiwfn
这次你就拼错了,M u l t i f w n


计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

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发表于 Post on 2024-5-8 20:22:51 | 只看该作者 Only view this author
基于格点数据做拓扑文件的前提是你把settings.ini里的iuserfunc设为了-1或-3,令user-defined function对应基于格点数据插值的函数,仔细看Multiwfn手册2.7节,之后在拓扑分析界面里把被分析的函数用选项-11选成user-defined function
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 21:32:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 20:20
发不出去是因为你根本没拼对Multiwfn
这次你就拼错了,M u l t i f w n

不好意思,sobereva老师,我之前应该就是拼错了没发出去,多谢指正,不然我还不清楚原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 21:43:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 20:22
基于格点数据做拓扑文件的前提是你把settings.ini里的iuserfunc设为了-1或-3,令user-defined function对应 ...

sobereva老师,我是根据您在Multiwfn英文论坛上的一个帖子(http://sobereva.com/wfnbbs/viewtopic.php?pid=2276)进行操作的,也设置settings.ini里面的iuserfunc为-3,但临界点搜索结果显示临界点个数为0,我也将iuserfunc为-1,结果仍然是一样,我不太清楚有哪些情况可能会导致这种结果

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发表于 Post on 2024-5-10 07:25:46 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-8 21:43
sobereva老师,我是根据您在Multiwfn英文论坛上的一个帖子(http://sobereva.com/wfnbbs/viewtopic.php?p ...

没具体文件没法说
cube文件压缩后传网盘贴链接
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-10 09:51:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-10 07:25
没具体文件没法说
cube文件压缩后传网盘贴链接

sobereva老师,我后面也尝试使用Multiwfn的处理网格数据打开cube文件,但是会出现错误,显示网格数据无法加载或产生,我看了下cube文件,还是不清楚问题在哪,以下是cube文件的网盘链接,劳您过目下
链接:https://pan.baidu.com/s/1GuGUw3Zpe3FYrqFBGQ2ung
提取码:916r

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发表于 Post on 2024-5-10 17:08:35 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-10 09:51
sobereva老师,我后面也尝试使用Multiwfn的处理网格数据打开cube文件,但是会出现错误,显示网格数据无法 ...

文件有严重问题
首先,后缀应改为cub或cube,否则Multiwfn不把它当cube文件看待并读取里面的数据
而且,当前格点数据有严重异常,不管是Multiwfn的主功能0还是VESTA等其它程序,看到的等值面跟分子结构完全不对应




先确保cub文件本身有意义,再说找临界点的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-10 22:02:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-10 17:08
文件有严重问题
首先,后缀应改为cub或cube,否则Multiwfn不把它当cube文件看待并读取里面的数据
而且 ...

oh,我明白了,sobereva老师,原来是我的后缀名是大写,所以Multiwfn无法识别,然后我的格点数据设置不合理,只囊括当前结构的半个原子,完全整清楚了,谢谢老师指点,太感谢了

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