求助：如何选择软件对直链淀粉和脂质进行分子对接

MagicMa

我想通过分子对接去计算不同聚合度的直链淀粉与溶血磷脂（LPC16:0, LPC18:2）的亲和力，顺便计算分子间作用力，来得到能与溶血磷脂结合最稳定的直链淀粉，进一步通过分子动力学模拟去了解结合过程以及溶血磷脂如何对直链淀粉造成结构上的影响。目前使用的分子对接软件是autodock vina，也是因为有关淀粉-脂质间的分子模拟文章较少，对如何选择对应的软件了解的不多。前两天文章投稿后被拒，审稿人其中一条理由是认为autodock vina不适合这一体系的分子对接。期间我也看到过卢老师给出的建议，进行二聚体构型搜索，然后算相互作用能，但是在使用Gaussian优化淀粉结构上遇到了困难。目前设定直链淀粉的聚合度范围为10-26，也就是原子数在200-600之间，计算难以收敛，在咨询过一些人给出的结论是Gaussian不适合做这类结构优化。
请问各位老师，如何去选择软件对直链淀粉-溶血磷脂进行分子对接，以及通过力场生成的直链淀粉可否不进行结构优化进行下一步的计算？

sobereva

能量极小化可以用力场级别做。或者能恰当考虑色散作用的半经验或GFN-xTB级别来做，优化大几百原子体系可以实现

但做能量极小化没多大必要和意义。磷脂分子运动较快，放在糖的附近，直接跑动力学，看磷脂分子倾向于结合在哪里（如通过空间分布函数来统计）就可以讨论当前问题

MagicMa

sobereva 发表于 2024-5-16 21:42
能量极小化可以用力场级别做。或者能恰当考虑色散作用的半经验或GFN-xTB级别来做，优化大几百原子体系可以 ...

感谢卢老师的建议