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[GROMACS] 求助:优化后的小分子能量最小化提示受力过大的问题

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各位老师好,目的是要在水中模拟离子液体。首先使用Gaussian16优化PF6-分子,基组选择的是社长在《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》中推荐的基组,电荷使用resp2.0,拓扑参考sobtop例1生成,但在gromacs中提示F原子受力达到10^14,尝试进行npt时程序崩溃。不知道怎么调整才合理

202411281654336722..png (23.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

能量最小化输出

能量最小化输出

anion.gjf

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Gaussian输入

anion.itp

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拓扑文件

anionopt.gro

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发表于 Post on 2024-11-28 17:23:07 | 只看该作者 Only view this author
要么RESP2、要么RESP2(0.5),没有RESP 2.0

http://sobereva.com/soft/Sobtop里专门加入了以下文字:

注意:如果基于上面的DRIH方法产生拓扑文件进行模拟遇到报错,可以尝试后面提到的mSeminario或m2Seminario方法产生力常数,或者干脆让Sobtop自动猜谐振势形式的力场参数而不基于Hessian计算(即让你选择如何生成力场参数时,选择4 Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed。反正对于这种刚性体系,力常数不重要,只要大小足够维持住体系的刚性就够了)。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-28 21:13:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-28 17:23
要么RESP2、要么RESP2(0.5),没有RESP 2.0

http://sobereva.com/soft/Sobtop里专门加入了以下文字:

好的,谢谢社长,尝试m2Seminario生成力常数之后可以正常模拟

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