求助：pdb2gmx生成蛋白拓扑结构时出现错误

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-26 17:55:00

本帖最后由 ydp111~ 于 2024-9-26 18:21 编辑

我在生成蛋白拓扑结构时出现“In the chosen force field there is no residue type for 'PCA' as a starting terminus”，PCA是蛋白的非标准残基，已经构建好非标准残基的拓扑信息了，用的是Amber99sb-ildn力场，请问各位大神我应该怎么解决这个问题？（DHK是蛋白结构，上传的时候显示文件太大不能上传，所以放压缩包里了）

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-26 17:59:38

本帖最后由 Loading0760 于 2024-9-26 18:01 编辑

你把这个加进Amber99sb-ildn的力场文件了吗

我之前用的是amber14sb_parmbsc1力场,当时是把对应的文件加到aminoacids.hdb和aminoacids.rtp尾部

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-26 18:03:45

Loading0760 发表于 2024-9-26 17:59
你把这个加进Amber99sb-ildn的力场文件了吗

我之前用的是amber14sb_parmbsc1力场,当时是把对应的文件加 ...

加进去啦

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-26 22:18:57

8成是没加对地方，诸如加到了A力场的rtp里，但选择的是B力场

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-28 09:01:49

sobereva 发表于 2024-9-26 22:18
8成是没加对地方，诸如加到了A力场的rtp里，但选择的是B力场

老师，我是加入Amber99sb-ildn力场里，用的也是这个力场

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-28 09:20:07

ydp111~ 发表于 2024-9-28 09:01
老师，我是加入Amber99sb-ildn力场里，用的也是这个力场

看清楚pdb2gmx运行时候的提示，读的是哪个目录的
安装了不止一个gromacs的时候老有人弄错

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-29 16:02:22

sobereva 发表于 2024-9-28 09:20
看清楚pdb2gmx运行时候的提示，读的是哪个目录的
安装了不止一个gromacs的时候老有人弄错

老师，我检查了运行的提示，基本都是读的/opt/gromacs-2023.4/share/gromacs/top/amber99sb-ildn.这个目录，我加入的也是这个目录，还是说要看最后这个src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp (line 376)目录

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-29 16:26:36

跟src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp (line 376)没关系,读取的时候就是/opt/gromacs-2023.4/share/gromacs/top/amber99sb-ildn这读取的.
我建议你不要动gromacs-2023.4/share/gromacs/top/下的拓扑文件, 可以自己拷贝到工作目录下,然后在工作的目录修改,简言之,就是别动系统给的默认力场.

'PCA' as a starting terminus
尝试一下这样,在aminoacids.r2b的文件结尾加一行这个.
PS: 我自己的非标准残基定义的名称是PCB,有点巧

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-29 20:48:55

Loading0760 发表于 2024-9-29 16:26
跟src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.cpp (line 376)没关系,读取的时候就是/opt/gromacs-2023.4/share/gro ...

谢谢大神，按照您的建议在aminoacids.r2b文件加上了，之前的报错没有啦，但是又出现了新的报错

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-30 09:16:11

ydp111~ 发表于 2024-9-29 20:48
谢谢大神，按照您的建议在aminoacids.r2b文件加上了，之前的报错没有啦，但是又出现了新的报错

把PCA.hdb的内容加到aminoacid.hdb里,不要用专门的PCA.hdb文件.

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-30 11:11:11

Loading0760 发表于 2024-9-30 09:16
把PCA.hdb的内容加到aminoacid.hdb里,不要用专门的PCA.hdb文件.

我加进去了，还是一样的错误呢

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-9-30 14:13:49

hdb文件里,第三行加氢的文本处
1 1 H1 C O CA
修改成H1

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-30 21:08:28

Loading0760 发表于 2024-9-30 14:13
hdb文件里,第三行加氢的文本处
1 1 H1 C O CA
修改成H1

大神，又有新的报错呢┭┮﹏┭┮ 是说ARG这个残基的CG没有被定义嘛，但是我查了aminoacids.rtp，是有定义的吧，不知道应该怎么处理

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-10-1 15:09:41

是B链段的ARG, 这个蛋白的结构你是怎么得到的, 我检查了一下, B链段有氨基酸缺失, 如图所示, 氨基酸直接从74号跳到了78号, 与此同时, ARG也少了很多原子.
这个结构应该是有PDB ID的吧,可以用同源建模把缺失的补齐.
我是直接把B链删除了,然后测试了一下,能跑. 后续三个报错都是关于力场参数的, 这是amber14的老问题的.

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-10-4 13:39:27

Loading0760 发表于 2024-10-1 15:09
是B链段的ARG, 这个蛋白的结构你是怎么得到的, 我检查了一下, B链段有氨基酸缺失, 如图所示, 氨基酸直接从 ...

琢磨了几天，终于成功生成拓扑了，非常感谢大神

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