胺醛缩合反应过渡态计算求助

Friday · 发表于 Post on 2024-5-7 10:23:56

各位老师好，最近在计算胺醛缩合反应机制中 “质子转移过程”，遇到了一些问题，我参照的是雷鸣老师的这一篇文献“Theoretical study onnitrogenous heterocyclic assisted aldimine condensation[J]. Acta Chim. Sinica 2020, 78, 437-443.”。以下是我的计算方法和问题：

1 计算方法： # opt=(calcall,ts,noeigen)b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=dichloromethane) em=gd3bj
IRC计算：# IRC=(maxpoints=100,calcfc,lqa) b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=dichloromethane)em=gd3bj
能量均取用 Sum of electronic and thermal free energies
2 问题：
(1) 我在计算4b→5这个质子转移过程，优化出来的TS只有一个虚频 -975.81i，IRC计算也得到了所需要的反应物和产物，但是计算相对能量时候，TS却比两端的物质的能量都低，这个对吗？
(2) 我在计算5b→6的这个脱水过程，TS在真空中我先计算出来了，但是后续加上溶剂就很难收敛，这个问题该如何解决？

麻烦各位了！

Friday · 发表于 Post on 2024-5-7 10:25:18

这是参考文献

75uio · 发表于 Post on 2024-5-7 11:45:51

1 自由能低正常，电子能是高的。因为计算找到的是势能面上反应路径上的能量最高点。详见http://sobereva.com/44
2 缩短步长试试，或者使用文章SI中的计算结构。

Friday · 发表于 Post on 2024-5-12 21:08:00

75uio 发表于 2024-5-7 11:45
1 自由能低正常，电子能是高的。因为计算找到的是势能面上反应路径上的能量最高点。详见http://sobereva.co ...

好的，我去看看，谢谢您。

mettlyz · 发表于 Post on 2024-5-14 19:02:58

本帖最后由 mettlyz 于 2024-5-14 19:07 编辑

跑了一下TS2的，仅供参考。能量好像同你画的不一样。
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 1d982ebdb973d2b8040

Friday · 发表于 Post on 2024-5-15 21:42:49

mettlyz 发表于 2024-5-14 19:02
跑了一下TS2的，仅供参考。能量好像同你画的不一样。
https://alphacat.deepchem.cn/share#/detail/9d658c ...

您好，那个能量是用的我自己的反应物质跑出来了，我在搞合成的同时，用了一下雷鸣老师提出来的这个模型，我的TS2计算的时候一直有微弱的震荡，感谢您的回复

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