计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 459|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助:使用CP2K对带Zn晶体结构做TDDFT计算时内存不足报错

[复制链接 Copy URL]

15

帖子

0

威望

246

eV
积分
261

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
我的电脑配置是36核心,128G内存,在计算时运行窗口出现内存不足报错,但是我的体系并不算复杂,按道理说128GB应该是足够的,想请大神们帮忙看看这个内存报错是什么原因引起的?是我的分子数太大了还是我有哪些没有设置正确?我是用的CP2K版本是cp2k.popt版本,MAX_MEMORY 也设置了依旧内存报错。想请大神们帮忙在你们的服务器运行一下,谢谢老师们!附件分别是CP2K的输入文件和晶体结构的cif文件。

Zn-2L-TD.inp

19.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

exp_12008-YSZ.cif

444.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

晶体结构

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-5-15 22:52:19 | 只看该作者 Only view this author
结构完全离谱

既然是晶体怎么能当非周期性计算

另外,确保看了下文,免得犯低级错误
CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子
http://sobereva.com/690http://bbs.keinsci.com/thread-41087-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

15

帖子

0

威望

246

eV
积分
261

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 00:49:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-15 22:52
结构完全离谱

既然是晶体怎么能当非周期性计算

十分感谢sob老师指导。
1.结构我也觉得离谱但是是我们实验做出来的,扫单晶衍射仪扫出来的结构,和质谱以及Gaussian结构优化都对的上,所以就采纳了。
2.我再做第一步结构优化的时候是当作周期计算的,第二步做TDDFT计算,参考的第三届第一性原理计算培训班的《电子激发与X光谱计算》的第8页PPT中有说到 CP2K的TDDFT不支持K点,因此没有设置K点做周期计算。
3.参考了您的帖子后我仔细对比,发现了最后的问题,问题是我的Cif文件的晶胞尺寸有误,导致晶胞异常大了100倍,使得计算内存占满了。已经找到了问题,感谢sob老师的解答,谢谢老师。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 16:01 , Processed in 0.182158 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list