已解决：合并gro文件时提示最后一行原子无效问题

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-14 18:02:36

本帖最后由 wyfgg 于 2022-5-14 20:26 编辑

我在将一个离子的mdp文件合并至体系的AKT1solv.gro文件时，提示我AKT1solv.gro最后一行的原子无效，但是我最后一列是创建的盒子。请问删除盒子可以吗？

命令：gmx grompp -f ions.mdp -c AKT1solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
Fatal error:
Invalid line in AKT1solv.gro for atom 69972:
8.90879 8.90879 8.90879

删除之后运行，程序依然报错异常结束

Fatal error:
Unexpected end of file in file AKT1solv.gro at line 69973

原因在于我建模用了tip4p

gmx pdb2gmx -f AKT1.pdb -water tip4p -o AKT1.gro -ter -ignh

复制代码

加水用了spc216

gmx solvate -cp AKT1box.gro -cs spc216.gro -o AKT1solv.gro -p topol.top

复制代码

搬砖小青年 · 发表于 Post on 2024-5-19 16:18:58

您好，你是则呢么解决这个问题的呢

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[GROMACS] 已解决：合并gro文件时提示最后一行原子无效问题