关于统计体系沿z轴数密度的问题

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-11-6 20:27:59

大家好，最近在计算体系中某离子沿z轴的数密度，已经知道gmx density可以统计，但是想要统计离子质心沿z轴的数密度，这个命令需要加什么样的选择语句可以实现呢？或者有没有其他的方法，谢谢大家。

pal · 发表于 Post on 2023-11-6 21:05:12

gmx density不知道怎么做，只要把z轴按照一个标准长度分成一段一段的，统计离子z坐标在每段范围内的个数不就好了

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-7 08:41:39

gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了，十来行的事

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我写的这个脚本并举一反三

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-11-7 09:06:07

sobereva 发表于 2023-11-7 08:41
gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了，十来行的事

好的，谢谢老师，我尝试一下

qiyan · 发表于 Post on 2023-11-9 15:31:13

本帖最后由 qiyan 于 2023-11-9 15:54 编辑

sobereva 发表于 2023-11-7 08:41
gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了，十来行的事

老师，我想统计沿z轴方向某个原子的分布，如图这种，用第一种的tcl代码也可以实现嘛。或者可以先分组，然后用gmx density实现嘛

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-9 17:04:01

qiyan 发表于 2023-11-9 15:31
老师，我想统计沿z轴方向某个原子的分布，如图这种，用第一种的tcl代码也可以实现嘛。或者可以先分组，然 ...

gmx density直接就能实现
涉及到质心才没法实现

qiyan · 发表于 Post on 2023-11-9 17:56:02

sobereva 发表于 2023-11-9 17:04
gmx density直接就能实现
涉及到质心才没法实现

谢谢sob老师，请问老师，gmx density添加什么关键词可以改变z方向的统计间隔呢。就是让dz更小，就是我现在10A的盒子，间隔是0.5A统计一次，添加什么关键词可以变成0.1A统计一次呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-9 18:10:45

qiyan 发表于 2023-11-9 17:56
谢谢sob老师，请问老师，gmx density添加什么关键词可以改变z方向的统计间隔呢。就是让dz更小，就是我现 ...

这种问题运行gmx density -h看一下帮助便知

whutzty · 发表于 Post on 2024-5-15 02:04:10

sobereva 发表于 2023-11-7 08:41
gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了，十来行的事

sober老师您好我在使用这个脚本的时候怎么区分原子种类呢，直接在atom前面加原子种类么

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-15 03:03:48

whutzty 发表于 2024-5-15 02:04
sober老师您好我在使用这个脚本的时候怎么区分原子种类呢，直接在atom前面加原子种类么

根据原子名区分，参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

whutzty · 发表于 Post on 2024-5-17 11:10:49

sobereva 发表于 2024-5-15 03:03
根据原子名区分，参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.c ...

已经搞懂了，谢谢sob老师

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