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[CP2K] MSST模拟需要把单斜晶体变为正交晶体嘛

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本帖最后由 wjybit 于 2024-4-24 11:44 编辑

请问各位大佬,使用CP2K做多尺度冲击MSST,打算对附件的结构沿(010)晶向做冲击,需要把单斜晶体变为正交晶体嘛,如果需要,一般采用哪些软件进行变换啊

HMX.cif

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发表于 Post on 2024-4-25 06:20:44 | 只看该作者 Only view this author


并不需要非得b=Y、c=Z
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-5-17 19:59:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-25 06:20
并不需要非得b=Y、c=Z

sob老师您好,意思就是不一等非得是正交晶体,通过旋转晶胞的方向可以使b,c轴与X方向垂直吗?哪怎么把一个三斜晶体的b和c轴调整到和X方向正交呢?

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发表于 Post on 2024-5-18 03:09:56 | 只看该作者 Only view this author
yaochuang 发表于 2024-5-17 19:59
sob老师您好,意思就是不一等非得是正交晶体,通过旋转晶胞的方向可以使b,c轴与X方向垂直吗?哪怎么把一 ...


三斜不行,需要先变换成正交的,自己重新定义晶格,或者用atomsk程序自动搞(之前论坛我回复过,首页google框搜)
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发表于 Post on 2024-5-18 07:10:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-18 03:09

三斜不行,需要先变换成正交的,自己重新定义晶格,或者用atomsk程序自动搞(之前论坛我回复过,首页 ...

谢谢sob老师,我用atomsk转化了,但是转化后晶体变的非常大,包含几万个原子,没法继续下一步计算,请问这种情况应该怎么处理呢?

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发表于 Post on 2024-5-18 23:47:43 | 只看该作者 Only view this author
参考此文MSST计算HMX和其它分子界面体系的模型
Molecules 2022, 27, 2787
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发表于 Post on 2024-5-19 15:34:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-18 23:47
参考此文MSST计算HMX和其它分子界面体系的模型
Molecules 2022, 27, 2787

谢谢sob老师,我先学习一下。

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