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[新手求助] 求助:计算得到的近红外染料吸收光谱与文献差异巨大

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本帖最后由 Ureer 于 2024-5-15 12:27 编辑

      各位大佬好,本人小白,前几天刚接触Gaussian。现在正设计一种染料以达到近红外波段的吸收,需要得到gaussian计算的光谱。以上是文献种某种染料结构式,为内鎓盐,文献报道其UV-vis-NIR光谱上最大吸收波长为1000nm左右文献上报道的光谱图如下红框所示,没有注明用的哪种溶剂,纵坐标的数值也没有。


  我想得到该染料的UV-vis理论光谱曲线,观察理论与实际光谱最大吸收波长、曲线形状等差异。我用Gaussian通过结构优化后进行垂直激发能计算,计算过程如下:
  结构优化:建模时用Chemdraw绘分子图保存成mol文件导入Gaussview然后进行结构优化。
  优化后结构如下所示,无虚频。  
      
   
  随后以优化后的结构进行垂直激发能计算,所得光谱与文献光谱差异巨大,最大吸收峰波长约为600,与文献实际光谱相差400nm,请教各位大佬哪一步出了问题。









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发表于 Post on 2024-5-15 18:19:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 超限制抱怨 于 2024-5-15 18:20 编辑

激发态计算用b3lyp就不合理啊,6-31G,甚至连极化都没有加.......

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发表于 Post on 2024-5-15 19:20:05 | 只看该作者 Only view this author
此外必须搞清楚实验用的溶剂是什么,如果确定作者没有写,就跟作者发邮件问。然后加上溶剂再算。
这种染料的激发态很可能有明显的CT特征,有没有溶剂计算结果差别很大
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2024-5-15 23:01:07 | 只看该作者 Only view this author
先了解点常识
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

以及参考北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)的ppt:
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 12:39:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-15 23:01
先了解点常识
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272(http://bbs.keinsci.com/threa ...

感谢老师指导!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 12:39:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-5-15 19:20
此外必须搞清楚实验用的溶剂是什么,如果确定作者没有写,就跟作者发邮件问。然后加上溶剂再算。
这种染料 ...

好的,谢谢老师建议

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 12:43:23 | 只看该作者 Only view this author
超限制抱怨 发表于 2024-5-15 18:19
激发态计算用b3lyp就不合理啊,6-31G,甚至连极化都没有加.......

好的,谢谢!那我算结构优化 b3lyp 6-31G(d),算激发换成cam b3lyp 6-311G(d)?

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发表于 Post on 2024-5-16 15:40:41 | 只看该作者 Only view this author
Ureer 发表于 2024-5-16 05:43
好的,谢谢!那我算结构优化 b3lyp 6-31G(d),算激发换成cam b3lyp 6-311G(d)?

结构优化需要加色散校正,如果将来不仅要算吸收还要算荧光,需要考虑结构优化和激发态计算级别统一。
激发态可以考虑用双杂化泛函。
但最重要的还是溶剂模型,考虑用cLR或者态特定的方法算
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 11:20:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-5-16 15:40
结构优化需要加色散校正,如果将来不仅要算吸收还要算荧光,需要考虑结构优化和激发态计算级别统一。
激 ...

谢谢老师指导!不明白如何加色散校正。我再次计算的方法及结果如下:

首先是几何优化:
opt freq b31yp/6-311g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=dichlorothane);
优化结果无虚频。

然后是垂直激发能计算,加入了clR溶剂模型输入任务:
#p cam-b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(pisalr,solvent=dichloroethane)
td=(nstate=50,root=1,noneq) iop(10/74=10)
UV-vis结果:最大吸收峰波长612.19nm。与1000nm左右的吸收峰波长还是相距甚远。

请问老师输入文件有没有问题?

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发表于 Post on 2024-5-21 15:05:20 | 只看该作者 Only view this author
Ureer 发表于 2024-5-21 04:20
谢谢老师指导!不明白如何加色散校正。我再次计算的方法及结果如下:

首先是几何优化:

按照https://gaussian.com/dft/里"empirical dispersion"选项卡里的方法加色散校正
另外可以确认一下你计算所用的构象是否正确
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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