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[Amber] 请问参数化含有金属锌和配位水分子的金属酶结构可以用sobtop吗?

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如题所示,通过mcpb.py参数化了含有金属锌和配位水分子的金属酶后,通过vmd查看拓扑文件发现ZN和其他残基之间没有配位键形成(原始结构中ZN和残基就没有配位键),请问换sobtop的话能否生成ZN和其他残基以及配位水分子的配位键吗?

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发表于 Post on 2024-5-15 22:26:12 | 只看该作者 Only view this author
本来就未必非得需要bond项才能维持合理结构
先直接跑MD看看情况,和晶体结构对比,能用就用
sobtop不是直接给AMBER用的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 10:22:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-15 22:26
本来就未必非得需要bond项才能维持合理结构
先直接跑MD看看情况,和晶体结构对比,能用就用
sobtop不是直 ...

老师不好意思我没太懂和晶体结构对比的话是对比什么呢?我还有一个问题是我可以通过位置限制ZN和残基之间的距离来达到一个“配位”的效果吗?

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发表于 Post on 2024-5-17 03:38:57 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-5-16 10:22
老师不好意思我没太懂和晶体结构对比的话是对比什么呢?我还有一个问题是我可以通过位置限制ZN和残基之间 ...

就是把动力学跑的结构和X光衍射测的金属蛋白的晶体结构对比
可以,但这只对应配位键键长,对配位键键角、配位区域的立体结构不起到控制作用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-18 20:34:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-17 03:38
就是把动力学跑的结构和X光衍射测的金属蛋白的晶体结构对比
可以,但这只对应配位键键长,对配位键键角 ...

非常感谢老师。我跑完md后ZN和配位水分子的位置都有了相对大的变化,但是ZN属于“活性口袋”部分,这样的话这个模拟结果是不是不能用呢?

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发表于 Post on 2024-5-18 23:58:25 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-5-18 20:34
非常感谢老师。我跑完md后ZN和配位水分子的位置都有了相对大的变化,但是ZN属于“活性口袋”部分,这样的 ...

不能用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-19 21:50:20 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,那请问老师我该如何优化结构呢?添加bond项吗?

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发表于 Post on 2024-5-20 02:10:02 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-5-19 21:50
谢谢老师,那请问老师我该如何优化结构呢?添加bond项吗?

bond项肯定得有,有必要时还得添加一些angle项维持配位键之间的键角
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-20 09:25:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-20 02:10
bond项肯定得有,有必要时还得添加一些angle项维持配位键之间的键角

好的老师,非常感谢老师!

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发表于 Post on 2024-5-20 09:33:17 | 只看该作者 Only view this author
Zn如果不和残基有配位作用怎么可能维持在口袋里不动
如果Zn离子和水分子对Zn的配位数敏感可以使用J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2733文章中CN对应的看参数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-20 13:07:55 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2024-5-20 09:33
Zn如果不和残基有配位作用怎么可能维持在口袋里不动
如果Zn离子和水分子对Zn的配位数敏感可以使用J. Chem. ...

好嘞老师,谢谢您!我去学习一下。金属酶的话我是直接通过rcsb数据库下载的,然后根据pdb的相应文献确定了ZN和蛋白残基、配位水分子之间的关系。所以这个配位作用我不太懂您是啥意思嘞?

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发表于 Post on 2024-5-20 14:11:15 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-5-20 13:07
好嘞老师,谢谢您!我去学习一下。金属酶的话我是直接通过rcsb数据库下载的,然后根据pdb的相应文献确定 ...

金属酶咋可能残基不直接和金属作用,那算什么金属酶
不管是MMP几或者DNA结合的Zinc-Finger结构域这些带Zn的都是和Cys/His/Asp/Glu/骨架羰基直接作用的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 09:46:17 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2024-5-20 14:11
金属酶咋可能残基不直接和金属作用,那算什么金属酶
不管是MMP几或者DNA结合的Zinc-Finger结构域这些带Z ...

您好,这个结构是这样子的,rcsb里看这个他是虚线,然后mcpb.py使用完后查看结构没有看到配位键

202405210945367920..png (314.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

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发表于 Post on 2024-5-21 12:10:39 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-5-21 09:46
您好,这个结构是这样子的,rcsb里看这个他是虚线,然后mcpb.py使用完后查看结构没有看到配位键

不知道什么是配位键就去找本无机化学重新学一遍

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 12:12:43 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2024-5-21 12:10
不知道什么是配位键就去找本无机化学重新学一遍

好的

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