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[GROMACS] 请问我用gmx h2order 算一个纯水体系中水分子的序参数结果合理吗

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请问各位老师我用gmx h2order -f md.xtc -s md.tpr -n order.ndx这个命令算一个纯水盒子中水分子的序参数得到的这个图合理吗?横纵坐标分别表示什么意思呢?这个序参数的数值范围是多少?是数值越大表示水分子越有序还是越小越有序呢?

序参数.png (82.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

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发表于 Post on 2021-5-10 03:37:04 | 只看该作者 Only view this author
参考我讲的北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里的ppt:





上图是对水盒子x方向加电场的轨迹的统计结果
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-25 15:47:57 | 只看该作者 Only view this author

请问老师,为什么我不加电场时统计出来的cosine值也十分接近于0呢?

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发表于 Post on 2024-5-26 04:58:38 | 只看该作者 Only view this author
duzy 发表于 2024-5-25 15:47
请问老师,为什么我不加电场时统计出来的cosine值也十分接近于0呢?

先看轨迹,如果水的朝向是随机的,说明没正确理解结果或者统计命令不对
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