使用MCPB.py创建金属蛋白拓扑遇到keyerror等问题

zhu2023

最近在利用MCPB.py创建金属蛋白拓扑文件，遇到了个问题。

准备：目的蛋白是napa.pdb（体积太大无法上传，未去配体见下图），配体是2个MGD、1个金属MO和一个S原子，分别命名为AMG.pdb、BMG.pdb（2个MGD配体）和MOS.pdb（MO和S）

目的：获得Gromacs模拟的拓扑文件

过程：基于Amber22采用MCPB.py进行处理
1、获得了AMG和BMG的mol2、frcmod文件，以及MOS的mol2文件，融合蛋白napa_fixed_H.pdb（其中将配体改名为AMG和BMG）
2、执行MCPB.py -i napa.in -s 1后，出现下列错误keyerror：

1. *=======================Metal Site Information===================*
   
2. *                                                                *
   
3. ******************************************************************
   
4. ***Selected Metal ion MO is atom 12603 in residue 800-MOS
   
5. 149-CYM@SG is in 2.8 Angstrom of or set bonded (in the input file) to (one of) these metal ions
   
6. 800-MOS@S is in 2.8 Angstrom of or set bonded (in the input file) to (one of) these metal ions
   
7. 801-AMG@S12 is in 2.8 Angstrom of or set bonded (in the input file) to (one of) these metal ions
   
8. 801-AMG@S13 is in 2.8 Angstrom of or set bonded (in the input file) to (one of) these metal ions
   
9. 802-BMG@S12 is in 2.8 Angstrom of or set bonded (in the input file) to (one of) these metal ions
   
10. 802-BMG@S13 is in 2.8 Angstrom of or set bonded (in the input file) to (one of) these metal ions
    
11. ***The following residues are in the Metal Site:
    
12. Residue 149-CYM
    
13. Residue 800-MOS
    
14. Residue 801-AMG
    
15. <b>Traceback (most recent call last):
    
16.   File "/home/zhu/amber/amber22/bin/MCPB.py", line 651, in <module>
    
17.     gene_model_files(orpdbf, ionids, addres, addbpairs, gname, ff_choice,
    
18.   File "/home/zhu/amber/amber22/lib/python3.11/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1692, in gene_model_files
    
19.     totchg = totchg + chargedict[mol.residues[i].resname]
    
20.                       ~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
    
21. KeyError: 'AMG'</b>

复制代码

应该如何解决？


这是融合蛋白文件中配体部分的内容

1. HETATM12603 MO   MOS A 800      40.588  -8.756  23.539  1.00 10.14          MO  
   
2. HETATM12604  S   MOS A 800      41.857  -6.745  23.276  1.00 13.73           S  
   
3. HETATM12605  PA  AMG A 801      43.575 -12.104  17.224  0.00  0.00           P  
   
4. HETATM12606  PB  AMG A 801      45.756 -13.834  18.033  0.00  0.00           P  
   
5. ~~~~
   
6. HETATM12667  H15 AMG A 801      37.137 -12.040  22.158  0.00  0.00           H  
   
7. HETATM12668  H19 AMG A 801      33.777 -16.849  19.730  0.00  0.00           H  
   
8. HETATM12669  H23 AMG A 801      38.106 -10.979  18.413  0.00  0.00           H  
   
9. HETATM12670  PA  BMG A 802      37.175 -12.458  29.684  0.00  0.00           P  
   
10. HETATM12671  PB  BMG A 802      36.146 -14.722  27.972  0.00  0.00           P  
    
11. ~~~~
    
12. HETATM12733  H19 BMG A 802      44.524 -18.057  28.852  0.00  0.00           H  
    
13. HETATM12734  H23 BMG A 802      42.751 -10.671  28.471  0.00  0.00           H  
    
14. TER   12734      BMG A 802
    
15. END

复制代码

MilesYYh

是运行MCPB.py -i XXX.in -s 1时出的问题吗？如果是可能是你的XXX.in 文件中的“ion_ids 数字”这个数字写错了，这里该填写的是你金属离子所在的那一行，使得你的文件不是对应的，建议先按照这个流程（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=MCPB）以例子中运行一遍。

17x7

解决了嘛，我也遇到相同的问题，就不是ion_id问题

17x7

我已经解决了，怎么说呢，上面说的上面ion id纯属就是胡扯，直接抄原子序号就好了，真正会报这个错误是因为格式转换的错误，就是mcpb是amber下面的程序，如果你是是再外面加氢，H的原子名字就是无法识别，所以就会报key error的错误，可能还会给你标出来是哪一个残基的，但是你优先去看可以形成大小模型的那个氨基酸残基，你直接蛋白dry，之后用amber自带的reduce加氢，之后再pdb4amber转化，就ok，如果你的小配体是正常bcc做的，原子名和H是没有问题的，我习惯用高斯做了生出生成mol2文件，之后形成frcmod文件，所以就是需要用match_atomname来原子名对齐，翻了好多都没有解决，还是我自己来写