求助，为什么用distance和rdf统计原子间最小距离结果不一致

Qianyi0111

我构建了3*3*3nm的水盒子后，模拟了纯水的水分子运动，随后想知道跑产生相的过程中所有原子之间的最小距离（除去有成键关系的原子），于是考虑了distance和rdf这两个指令。


①借助gmx distance指令。我先自己写了一个程序，生成索引文件，内容为：
[ dist ]
1 4 1 5 1 6……1 2652 2 4 2 5 2 6……2649 2650 2649 2651 2649 2652
即遍历了盒子中所有没有成键关系的原子，随后执行指令
gmx distance -f prod.xtc - s prod.tpr -n ref.ndx -oh -len 1.5 -tol 1 -binw 0.001
得到disthist.xvg文件，查看得知在0.154nm距离时，probability为0.01。意味着模拟过程中原子间的最近距离为0.154nm

②借助gmx rdf指令。
我执行了指令
gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr
得到rdf.xvg文件，查看发现，除去0.100nm处数值有一个峰值，是由氢氧键导致的，g(r)不为0的最小距离出现在0.144nm，是不是意味着模拟过程中原子间最小距离为0.144nm？

为什么两种方法得到的结果会相差0.01nm呢？请各位老师指教。

Qianyi0111

没有人回复是因为我的方法错得太离谱了吗