蛋白质如何以特定的朝向与构建的固体表面相隔一定的距离

雨中宇

请问一下，我想将蛋白质和我构建的分子层间隔一定的距离，该怎么设置呢，不太懂纯小白一个，我最开始学了一下Packmol
程序一直报错说施加的限制不对
tolerance   2.0
filetype    pdb
output Cellulose-3D30.pdb
add_box_sides
structure crystal.pdb
number  1
center
fixed 0.0.0.0.0.0
inside box -25.-25.-150.25.25.150
end structure
structure 3D30.pdb
number 1
overplane 1 0 0 35
end structure
我有一个疑问，在看教程的时候碳纳米管在加水的时候设置的盒子，如果只是单纯的想把蛋白质和片面结构间隔一定距离，盒子应该怎么加，我也用vmd平移过两个分子，改变了两者之间的位置，但该怎么使其平齐并间隔特定的距离呢

sobereva

用fixed直接指定好蛋白质出现的位置就完了，并且要求朝向不随意旋转
VMD里手动挪动蛋白，或者借助VMD的几何操作命令调整蛋白质的位置也可以