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[GROMACS] 完成蛋白-蛋白分子动力学模拟提前需要做什么呢

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楼主
蛋白-蛋白分子动力学模拟之前,怎么将两个蛋白放在一起(单纯利用pymol将两个蛋白放在一起可以吗),进行蛋白-蛋白分子动力学之前还需要做那些准备呢,感谢老师们。

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发表于 Post on 2023-11-26 19:52:51 | 只看该作者 Only view this author
这取决于你想研究什么
诸如你想研究两个蛋白质从分离状态自发接近的过程,你可以用VMD手动摆蛋白质的位置,也可以用诸如gmx insert-molecules随机插入两个蛋白。
若是你想研究蛋白质复合物,可以用haddock、hexdock等支持生物大分子之间对接的程序产生初始结构,然后加水、跑的动力学
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 10:24:24 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-6-3 18:16:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 光下澈 于 2024-6-3 18:17 编辑

请问一下,可以直接对PDB库中已经有的蛋白-蛋白晶体结构进行模拟吗?请问和普通的蛋白的模拟有什么区别吗?

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