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[综合交流] MD模拟后,如何计算多聚体的MMPBSA?

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各位老师好,最近在使用GROMACS时遇到了一个问题,我这里对一个包含二聚蛋白与两个小分子配体的体系进行了500ns的模拟,现在想要计算配体受体间的结合自由能,请问可以用MMPBSA的方法进行计算吗?如果可以,在计算时是选择把两条蛋白链分为一组,两个小分子分为一组直接计算整体结合自由能;还是分成四组,单独计算每条蛋白单链与每个小分子的结合自由能?直觉上,直接计算的话小分子那一组的构象熵会非常大,引起结果偏差,而单独算的话有四个数值,该以哪个为准呢?有什么文献或书籍讨论过这一内容吗?谢谢老师指导!

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发表于 Post on 2024-6-3 18:38:39 | 只看该作者 Only view this author
如果两个小分子紧挨着,直接计算。否则分别计算二聚体与配体1,以及二聚体与配体2的结合自由能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-4 09:54:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-3 18:38
如果两个小分子紧挨着,直接计算。否则分别计算二聚体与配体1,以及二聚体与配体2的结合自由能

好的,谢谢老师指导。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-4 14:17:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-3 18:38
如果两个小分子紧挨着,直接计算。否则分别计算二聚体与配体1,以及二聚体与配体2的结合自由能

老师,分别计算之后如果两个配体的结合能有差别的话,是取平均值吗?

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发表于 Post on 2024-6-5 03:15:16 | 只看该作者 Only view this author
clock1993 发表于 2024-6-4 14:17
老师,分别计算之后如果两个配体的结合能有差别的话,是取平均值吗?

看具体情况
如果配体不一样,或者需要区分蛋白质不同位点结合能力,那取平均值就没意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-5 11:26:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-5 03:15
看具体情况
如果配体不一样,或者需要区分蛋白质不同位点结合能力,那取平均值就没意义

好的,谢谢老师。

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