求助：加载蛋白力场出错

caroline

使用AMBER模拟绿色荧光蛋白，在加载蛋白力场时出现如下错误：Welcome to LEaP!(no leaprc in search path)
Sourcing: ./tleap.in

/home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/bin/teLeap: Fatal Error!
: not foundpen file leaprc.protein.ff14SB

Exiting LEaP: Errors = 1; Warnings = 0; Notes = 0.
我的输入文件如下所示：
source leaprc.protein.ff14SB
set default PBRadii mbondi3
loadAmberPrep cro.prepin
loadAmberParams frcmod2.cro
loadAmberParams frcmod1.cro
x = loadPDB gfp.pdb
saveAmberParm x gfp.parm7 gfp.rst7
quit

请问该问题该如何解决呢？

hhhnano

locate leaprc.protein.ff14SB, 找到力场文件路径，然后source + 路径+力场文件

caroline

hhhnano 发表于 2020-7-10 09:40
locate leaprc.protein.ff14SB, 找到力场文件路径，然后source + 路径+力场文件

我重新修改了输入文件：source /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/dat/leap/cmd/leaprc.protein.ff14SB
set default PBRadii mbondi3
loadAmberPrep cro.prepin
loadAmberParams frcmod2.cro
loadAmberParams frcmod1.cro
x = loadPDB gfp.pdb
saveAmberParm x gfp.parm7 gfp.rst7
quit
还是报错：
/home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/bin/teLeap: Fatal Error!
: No such file or directorys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/dat/leap/cmd/leaprc.protein.ff14SB

Exiting LEaP: Errors = 1; Warnings = 0; Notes = 0.

DoubeeTwT

产看你的~/.bashrc中的AMBERHOME的设置是否正确

还有就是把tleap的out文件上传完整一点，开头应该有一串导入默认力场文件夹路径，你看看你有没有

hhhnano

检查你是否安装了多个版本的AMBER，AMBER20路径是否设置正确。

或者 tleap -s -f  leaprc.protein.ff14SB

caroline

DoubeeTwT 发表于 2020-7-10 10:06
产看你的~/.bashrc中的AMBERHOME的设置是否正确

还有就是把tleap的out文件上传完整一点，开头应该有一串 ...

-I: Adding /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/dat/leap/prep to search path.
-I: Adding /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/dat/leap/lib to search path.
-I: Adding /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/dat/leap/parm to search path.
-I: Adding /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/dat/leap/cmd to search path.
-f: Source tleap.in.
这一串吗？这里是显示了默认的力场文件夹路径了

hhhnano

是配置文件～/bashrc
或者/etc/profile

#Amber-2020
source /home/user/amber2020/amber20/amber.sh

八月的雨季

典型的amber没装好吧

caroline

hhhnano 发表于 2020-7-10 10:53
是配置文件～/bashrc
或者/etc/profile

我已经完成了这个环境配置的设置。

caroline

hhhnano 发表于 2020-7-10 10:11
检查你是否安装了多个版本的AMBER，AMBER20路径是否设置正确。

或者 tleap -s -f  leaprc.protein.ff14S ...

我也试了tleap -s -f tleap.in 还是相同的报错。
但是如果我打开tleap，然后再输入source leaprc.protein.ff14SB是可以正常加载力场的。
那为什么直接运行tleap.in就会报错呢？

hhhnano

tleap -s -f tleap.in 这命名不对，
tleap -s -f  leaprc.ff14SB，去掉里面的protein
或者一步一步执行tleap.in中的命令。

DoubeeTwT

hhhnano 发表于 2020-7-10 10:53
是配置文件～/bashrc
或者/etc/profile

#Amber-2020
export AMBERHOME=/home/user/amber2020/amber20
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$AMBERHOME/lib
source $AMBERHOME/amber.sh


你试试改成这样

caroline

hhhnano 发表于 2020-7-10 19:58
tleap -s -f tleap.in 这命名不对，
tleap -s -f  leaprc.ff14SB，去掉里面的protein
或者一步一步执行tl ...

我一步一步执行tleap.in里的命令时，在最后一步的时候报错:
Error: Failed to generate parameters

Warning: Parameter file was not saved.
这是为什么呢

monte

我之前有这个情况是因为我直接在window系统里下载官网教程的tleap.in, 然后复制粘贴到centos系统里会有问题。后来我用dos2unix转换了tleap.in的文本格式，就能正常运行了