genice程序的疑问

CB2024 · 发表于 Post on 2024-2-23 08:56:06

大家好，我用genice生成tip4p模型时，生成的冰是倾斜的，这是什么原因造成的？不胜感激

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-2-23 09:48:15

因为原来的晶胞就不是正交的呀。

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-2-23 09:50:47

给你几个正交结构的冰的晶体。

H2O-Ice-II.cif (2.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

H2O-Ice-IV.cif (1.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

H2O-Ice-V.cif (1.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

CB2024 · 发表于 Post on 2024-2-23 11:39:26

slxc920113 发表于 2024-2-23 09:50
给你几个正交结构的冰的晶体。

非常感谢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-2-23 13:07:33

ice4的结构本身就是这样，如果想要正交的可以用MS做redefine lattice

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-23 20:51:13

冰有很多晶型，有的晶格是正交的有的是非正交的
比如IV本身是非正交的，如果你把你的命令最后的4改成4R（对应Orthogonalized ice IV），就是正交晶格
genice2支持的冰的类型用genice2 -h查看，里面都写了，genice2主页上也列了

CB2024 · 发表于 Post on 2024-3-3 20:14:31

感谢大家的解惑

wangxiaobao · 发表于 Post on 2024-6-6 17:31:33

你好，想向你请教一下，这个genice2软件是怎么安装上去的？我在ubuntu一直安装不上

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