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[GROMACS] 对蛋白结构单体进行了100ns的模拟,请问如何通过分析rmsd选取弛豫的结构?

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如题所示,我们对蛋白结构单体进行了100ns的模拟,想要选择构象稳定的一帧,请问各位老师如何通过分析rmsd选取弛豫、平衡的结构?

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发表于 Post on 2024-12-25 07:48:35 | 只看该作者 Only view this author
光摆出RMSD曲线没意义,始终要结合具体结构说事
有可能体系本来就是在不同构象之间频繁变化的,做簇分析考察有代表性结构

并且参考下文
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 09:41:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-25 07:48
光摆出RMSD曲线没意义,始终要结合具体结构说事
有可能体系本来就是在不同构象之间频繁变化的,做簇分析考 ...

谢谢老师,请问该如何做簇分析考察是否有代表性结构呢?我们选择的结构是新冠的rbd结构,会不会100ns过于长呢?

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发表于 Post on 2024-12-25 10:49:45 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-12-25 09:41
谢谢老师,请问该如何做簇分析考察是否有代表性结构呢?我们选择的结构是新冠的rbd结构,会不会100ns过于 ...

以目前的计算能力,100ns根本没多长
了解点簇分析常识自然就知道了,搜公社论坛首页google框。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里讲“气相分子、分子团簇与纳米液滴的模拟”的部分很详细讲了簇分析怎么做以及原理
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