求助周期性结构的修改

小可几何 · 发表于 Post on 2024-6-8 14:47:06

本帖最后由小可几何于 2024-6-8 21:02 编辑

老师，我想算周期性结构的基元反应，我找到了结构的cif文件，我向其中加入的分子中含有苯环，加进去已经超出了盒子大小，我想改变晶胞参数，但是参数一旦改变晶胞结构又变形了，我用cp2k进行优化，又逐渐变成了最初的样子。想请问老师，如何将这个周期性结构进行合理的修改。

喝杯热水 · 发表于 Post on 2024-6-8 15:05:40

扩胞

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-8 15:13:21

不优化晶胞，或者只允许晶胞在某些方向优化就完了
没具体结构没法说

小可几何 · 发表于 Post on 2024-6-8 16:49:29

sobereva 发表于 2024-6-8 15:13
不优化晶胞，或者只允许晶胞在某些方向优化就完了
没具体结构没法说

老师，我已经将cif文件上传，TRY3文件是晶胞参数修改之后的结构，但是整个结构都已经发生变形

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-8 19:50:51

小可几何发表于 2024-6-8 16:49
老师，我已经将cif文件上传，TRY3文件是晶胞参数修改之后的结构，但是整个结构都已经发生变形

没具体输入文件没法说，看上去存在严重硬伤

小可几何 · 发表于 Post on 2024-6-8 21:03:28

sobereva 发表于 2024-6-8 19:50
没具体输入文件没法说，看上去存在严重硬伤

老师，我已上传了TRY3的晶胞优化的输入文件

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-9 01:22:20

小可几何发表于 2024-6-8 21:03
老师，我已上传了TRY3的晶胞优化的输入文件

初始结构就很离谱，大部分键长明显不合理，进Multiwfn主功能0一看就知道

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[建模与可视化] 求助周期性结构的修改