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[GROMACS] Gromacs结果可视化分析出现部分氨基酸和小分子异常漂移是什么原因?

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如题,新手刚开始做Gromacs,跟着教程做完之后,用生成的MD.tpr文件和MD.xtc文件在Chimera中进行可视化分析。为了便于观察小分子和蛋白的100ns内的结合状态,离子和水分子已经被我删去。在chimera的MD movie模块运行之后发现前10ns内小分子跟蛋白无异常变化,但是,10ns之后蛋白上部分氨基酸发生严重漂移,之后小分子上的原子也开始发生异常漂移。想问一下各位,这种情况是正常的吗?还是因为力场选择的原因或者中间过程处理的问题?本次处理蛋白所用力场为charmm27;小分子所用拓扑文件为sobtop生成的,力场为GAFF,生成步骤参考“产生苯甲酸甲指的拓扑文件”。跪请大佬指点一下


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发表于 Post on 2024-3-27 00:39:26 | 只看该作者 Only view this author
用VMD看轨迹
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-6-11 09:49:33 | 只看该作者 Only view this author

社长,我也是新手,也遇到这个问题,请问下看了轨迹之后应该怎么做?

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发表于 Post on 2024-6-12 02:57:03 | 只看该作者 Only view this author
a1207732382 发表于 2024-6-11 09:49
社长,我也是新手,也遇到这个问题,请问下看了轨迹之后应该怎么做?

把问题描述具体,什么程序怎么看的、看到的是什么样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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