使用Multiwfn+VMD同时绘制跃迁电偶极矩和磁偶极矩遇到了问题

微笑着的小城

各位老师好！我参照了卢老师给出的教程:使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量（http://sobereva.com/396）。想同时绘制跃迁电偶极矩和跃迁磁偶极矩。
我按照如下步骤进行操作：
第一步：将在B3LYP/6-31G(d,p)级别做TDDFT电子激发计算的Gaussian输出文件fchk载入了Multiwfn。然后依次进入功能18 → 11 → 载入log文件 → 输入2考察第二个激发态（S1）→1 电偶极矩→n，最后保存了.pdb文件。


第二步：将Multiwfn输出的trdipcontri.txt以及帖子教程中给的loaddip.tcl文件一并复制到VMD的根目录中。将之前输出的.pdb文件载入了VMD的main窗口。然后在文本窗口输入了source loaddip.tcl。紧接着输入dip all，得到了分子整体的跃迁电偶极矩矢量图（如图1所示），并且保持VMD窗口和程序不关闭。

图1

第三步：与第一步相似，将fchk重新载入Multiwfn。然后以此进入功能18 → 11 → 载入log文件 → 输入2考察第二个激发态（S1）→2 磁偶极矩→n。

第四步：将Multiwfn输出的新的trdipcontri.txt文件复制到VMD的根目录中，并且覆盖之前的电偶极矩的trdipcontri.txt文件。回到刚才未关闭的VMD窗口，在文本输入窗口输入source loaddip.tcl，然后输入draw color red更换了箭头颜色和跃迁电偶极矩之间容易区分。再然后输入了dip all。得到了分子整体的跃迁磁偶极矩，如图2所示。

图 2

我有如下几个问题不明白，想请各位老师解答：

1.这样在同一个图中同时绘制跃迁电偶极矩和跃迁磁偶极矩的方式对不对？

2.如图2所示跃迁电偶极矩和跃迁磁偶极矩方向相反，它们之间的夹角看似接近180°。但是根据TD-DFT的输出文件log（如图3所示）里显示E-M Angle只有1.30°显然图2中的不符，图2中的夹角更似乎是180°-1.30°=178.7°。请问这是什么原因导致的？

图 3

图 4

图 5

请各位老师能帮忙解答一下，非常感谢！

sobereva

Gaussian输出的Ground to excited state transition magnetic dipole moments以及Multiwfn输出的对应的是<0|r×▽|b>，但一般的跃迁磁偶极矩定义是i<0|-r×▽|b>。E-M angle算的是跃迁电偶极矩和<0|-r×▽|b>的夹角，因此相差个负号，也因此角度是补角关系。
所以你的结果并没问题。

另外，Multiwfn里让你选择态的时候输入2选的是S2而不是S1。

微笑着的小城

sobereva 发表于 2022-4-11 21:51
Gaussian输出的Ground to excited state transition magnetic dipole moments以及Multiwfn输出的对应的是， ...

谢谢！卢老师，我明白了，很透彻。

wangyu

想咨询一下老师， dip all之后显示measure center: no atom selection，该怎么解决呀