GROMACS在MD模拟时出现了错误

乐嘻嘻嘻 · 发表于 Post on 2019-9-21 10:26:47

请问一下，MD模拟遇到这种问题，应该如何处理，麻烦大家。

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-23 08:12:59

更改静电作用计算方式
或者避免用域分解（mdrun加上-ntmpi 1）

乐嘻嘻嘻 · 发表于 Post on 2019-9-23 08:23:05

sobereva 发表于 2019-9-23 08:12
更改静电作用计算方式
或者避免用域分解（mdrun加上-ntmpi 1）

好的，谢谢老师，我再试试。

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-28 16:24:04

本帖最后由 xxzj 于 2021-6-28 16:26 编辑

sobereva 发表于 2019-9-23 08:12
更改静电作用计算方式
或者避免用域分解（mdrun加上-ntmpi 1）

老师，您好，我再用gromacs做真空条件下的md模拟时出现了下面的问题，然后查看top文件也没有发现问题，能量最小化也是正常结束的，所以想请问老师，应该从哪里进行修改？
Fatal error:
Step 0: The total potential energy is 1.9913e+15, which is extremely high. The
LJ and electrostatic contributions to the energy are 1.9913e+15 and 0,
respectively. A very high potential energy can be caused by overlapping
interactions in bonded interactions or very large coordinate values. Usually
this is caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration,
incorrect interactions or parameters in the topology.

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-28 22:48:57

xxzj 发表于 2021-6-28 16:24
老师，您好，我再用gromacs做真空条件下的md模拟时出现了下面的问题，然后查看top文件也没有发现问题，能 ...

把问题简化后找原因
比如对每种分子，就跑一个真空中单分子的模拟，看看有无报错，动力学行为是否正常，反复对照、排查

www1 · 发表于 Post on 2022-10-22 18:38:20

xxzj 发表于 2021-6-28 16:24
老师，您好，我再用gromacs做真空条件下的md模拟时出现了下面的问题，然后查看top文件也没有发现问题，能 ...

您好，请问您这个问题后来是怎么解决的呢，或者有没有发现是哪里的问题呢~ 我也遇到了同样的问题

xxzj · 发表于 Post on 2022-10-24 22:32:27

www1 发表于 2022-10-22 18:38
您好，请问您这个问题后来是怎么解决的呢，或者有没有发现是哪里的问题呢~ 我也遇到了同样的问题

我是重新进行了动力学模拟过程，并且分子数目改了，然后重新获取参数信息，后来不知道为什么就没有这个问题了

www1 · 发表于 Post on 2022-11-2 19:42:10

xxzj 发表于 2022-10-24 22:32
我是重新进行了动力学模拟过程，并且分子数目改了，然后重新获取参数信息，后来不知道为什么就没有这个问 ...

谢谢回复，我后来用不并行的gromacs就好了。

xxzj · 发表于 Post on 2022-11-2 23:28:19

www1 发表于 2022-11-2 19:42
谢谢回复，我后来用不并行的gromacs就好了。

我也学习啦，比心~

Huly · 发表于 Post on 2024-6-17 18:47:53

www1 发表于 2022-11-2 19:42
谢谢回复，我后来用不并行的gromacs就好了。

怎么分辩使用的GROMACS是并行版还是非并行的啊

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