计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1254|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助GROMACS里计算组间非键相互作用的mdp设置

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

97

eV
积分
102

Level 2 能力者

我的体系是一个RNA配对二核苷酸片段,我想计算这两个核苷酸之间的非键相互作用,因此我将左边核苷酸设为a组,右边核苷酸设为b组,然后选择组间能量。
我的mdp文件内容:
; Nonbonded settings
cutoff-scheme           = Verlet   
ns_type                 = grid     
nstlist                 = 10      
rcoulomb                = 1.0     
rvdw                    = 1.0   
DispCorr                = EnerPres
; Electrostatics
coulombtype             = PME     
pme_order               = 4      
fourierspacing          = 0.16   
; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz       ; 3-D PBC

我想问:
1. 我的mdp文件设置合理吗?静电、范德华截断距离合适吗?
2. 使用PME方法计算库伦相互作用与rcoulomb设置的截止距离冲突吗?
3. 我在选择组间能量时,发现只有a-bLJ-SR(36)、a-b Coul-SR(35),那长程部分呢?没有办法计算长程的 a-b Coul吗?

202405301030111813..png (48.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

我的体系距离图:

我的体系距离图:

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-5-30 15:18:16 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt里提到的需要注意的问题

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

97

eV
积分
102

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-31 16:25:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-30 15:18
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt里提 ...

谢谢老师,我将cutoff-scheme方式改成group,coulombtype改成Cut-off,其他的参数不用调整吧
; Nonbonded settings
cutoff-scheme           = group    ; Buffered neighbor searching
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb                = 1.2       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                    = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
DispCorr                = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Electrostatics
coulombtype             = Cut-off       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order               = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-6-1 10:21:48 | 只看该作者 Only view this author
Huly 发表于 2024-5-31 16:25
谢谢老师,我将cutoff-scheme方式改成group,coulombtype改成Cut-off,其他的参数不用调整吧
; Nonbonde ...

ppt里说了,此时rcoulomb应尽量设大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

97

eV
积分
102

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-4 13:32:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-1 10:21
ppt里说了,此时rcoulomb应尽量设大

好的 谢谢卢老师

5

帖子

0

威望

97

eV
积分
102

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 22:23:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-30 15:18
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt里提 ...

卢老师,我用ORCA计算了单点能,根据 EAB-EA-EB计算了两个核苷酸之间的非键相互作用;然后我又用GROMACS计算了两个核苷酸的非键相互作用,使用的mdp文件是从官网NVT模拟的mdp文件改的,模拟默认温度是300k;但是我发现ORCA计算时根本不考虑温度,那我模拟时温度该设为多少呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2024-6-19 05:20:36 | 只看该作者 Only view this author
Huly 发表于 2024-6-18 22:23
卢老师,我用ORCA计算了单点能,根据 EAB-EA-EB计算了两个核苷酸之间的非键相互作用;然后我又用GROMACS ...

我不知道你的计算目的是什么。如果是量子化学和力场计算的某一帧结构下的结果直接对比,实际研究是什么温度就设什么温度跑MD就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 18:38 , Processed in 0.169967 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list