reaction preview问题想请教下

hujun

想寻找过渡态，要先用reaction preview工具生成一个路径文件，我生成的路径感觉很奇怪，想请教一下这还是显示的问题么？谢谢！

zyj19831206

你display style里面使用了多个晶胞吧，造成了镜像重叠。

hujun

zyj19831206 发表于 2016-10-28 20:17
你display style里面使用了多个晶胞吧，造成了镜像重叠。

因为显示单个的时候，H原子会往外跑，所以调了多个。不知道会不会影响过渡态的计算才问了这个问题。调到original显示模式之后，两部分的确是一部分在晶胞里，一部分是在晶胞外的。应该是建模的时候出了问题吧，也不太知道这样影不影响计算，看到论坛里好像之前有类似的问题，说是算出来的能垒是异常的，现在重新算了，谢谢您的回复。

lwj

hujun 发表于 2016-10-29 11:03
因为显示单个的时候，H原子会往外跑，所以调了多个。不知道会不会影响过渡态的计算才问了这个问题。调到o ...

您好，我做吸附的时候也有原子跑出了格子，但是没有这么严重，请问您是不是换了一个大的表面计算的吗？

hujun

lwj 发表于 2016-12-1 11:32
您好，我做吸附的时候也有原子跑出了格子，但是没有这么严重，请问您是不是换了一个大的表面计算的吗？

display style的问题，在original下做

lwj

hujun 发表于 2016-12-5 15:20
display style的问题，在original下做

好的谢谢。我的应该是取得表面太小了，优化结构之后就出去了，最近改成一个更大一点的，应该就没问题了。