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本帖最后由 牧生 于 2024-7-5 09:58 编辑
最近几天遇到一个极为简单，但我又没辙的问题，溶液中含有碳酸根，模拟过程必然报错。
第一步：GV画出碳酸根，存mol2格式，使用懒人脚本计算RESP电荷，并使用sobtop得到itp文件
CO3.itp
(1.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
第二步，使用packmol建立盒子，并填满水
tolerance 2.0
output mix.pdb
add_box_sides 1.2
filetype pdb
structure CO3.pdb
number 50
inside box 0. 0. 0. 60. 60. 60.
end structure
structure NA.pdb
number 100
inside box 0. 0. 0. 60. 60. 60.
end structure
填满水
gmx solvate -cp mix.pdb -o mix.gro -p topol.top
第三步，做能量极小化，此时就提示
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 100 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.
使用vmd打开得到的gro文件，
我也看不出有什么很异常的问题啊。
我预计是碳酸根的itp有异常，但我又看不出来具体有什么问题
所有的输入文件都在压缩包内，请帮忙看一下。
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1.rar
805.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 13
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发表于 Post on 2024-7-3 21:33:14
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发表于 Post on 2024-7-4 07:17:55
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