gromacs体系小的时候没问题，体系增大就出现段错误

Sunca

我用charmm-gui建模得到pdb文件，用pdb2gmx得到top文件，然后建盒子、能量最小化、nvt控温、npt控压，最后正式模拟。24个糖环的体系模拟顺利跑完没有问题，72个糖环的体系前面都没问题，但是正式模拟几百步就段错误。


我检查了坐标和top文件没发现问题，下面是我的mdp参数，希望大家帮我看看有没有问题
1.能量最小化

define = -DFLEXIBLE
integrator = cg
nsteps  = 10000
emtol = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout = 100
nstlog = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.0
vdwtype = Cut-off
rvdw = 1.0
DispCorr = EnerPres
;
constraints = none
2.nvt控温
define = -DPOSRES
integrator = md
nsteps = 50000
dt = 0.002
nstxout = 500
nstvout  = 500
nstenergy = 500
nstlog = 500
continuation  = no  
constraint_algorithm = lincs  
constraints = h-bonds
lincs_iter  = 1   
lincs_order = 4  
cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid  
nstlist = 10  
rcoulomb = 1.0
rvdw = 1.0  
DispCorr = EnerPres
coulombtype   = PME   
pme_order  = 4   
fourierspacing = 0.16  
tcoupl = V-rescale
tc-grps = Other  SOL  
tau_t  = 0.1     0.1  
ref_t  = 298     298
pcoupl   = no
pbc  = xyz   
gen_vel  = yes  
gen_temp  = 300  
gen_seed  = -1   
3.npt控压
define  = -DPOSRES
integrator  = md  
nsteps = 50000
dt = 0.002  
nstxout = 500
nstvout = 500
nstenergy = 500  
nstlog  = 500  
continuation  = yes
constraint_algorithm  = lincs  
constraints = h-bonds  
lincs_iter  = 1   
lincs_order  = 4      
cutoff-scheme = Verlet  
ns_type = grid  
nstlist  = 10   
rcoulomb  = 1.0  
rvdw = 1.0   
DispCorr  = EnerPres
coulombtype = PME  
pme_order  = 4   
fourierspacing = 0.16  
tcoupl = V-rescale  
tc-grps   = Other SOL
tau_t = 0.1     0.1      
ref_t  = 298     298   
pcoupl   = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic  
tau_p = 2.0      
ref_p = 1.0   
compressibility = 4.5e-5  
refcoord_scaling  = com
pbc  = xyz   
gen_vel  = no
4.正式npt模拟
integrator = md   
nsteps  = 100000000
dt = 0.001   
nstxout  = 0  
nstvout  = 0   
nstfout   = 0     
nstenergy = 5000   
nstlog  = 5000   
nstxout-compressed   = 5000
compressed-x-grps    = System
continuation  = yes  
constraint_algorithm  = lincs
constraints = h-bonds  
lincs_iter = 1         
lincs_order  = 4  
cutoff-scheme  = Verlet
ns_type  = grid   
nstlist  = 10  
rcoulomb = 1.2   
rvdw = 1.2      
coulombtype = PME  
pme_order  = 4   
fourierspacing = 0.16
tcoupl  = V-rescale  
tc-grps  = Other SOL  
tau_t   = 0.1     0.1     
ref_t   = 300     300   
pcoupl   = Parrinello-Rahman
pcoupltype  = isotropic
tau_p  = 2.0   
ref_p   = 1.0      
compressibility   = 4.5e-5   
pbc  = xyz   
DispCorr  = EnerPres  
gen_vel  = no