gromacs伞形抽样计算pmf输入文件的问题

肥力丝

请问各位老师，在gromacs伞形抽样计算pmf的时候，输入文件应该选择pullx还是pullf，这两个有什么区别吗，结果会有差异吗？感谢各位老师的解答!
gmx wham [-ix [<.dat>]] [-it [<.dat>]]或者gmx wham [-if [<.dat>]] [-it [<.dat>]]

student0618

其实直接两个都跑跑看就可以知道有没有分别了

肥力丝

student0618 发表于 2025-12-17 11:49
其实直接两个都跑跑看就可以知道有没有分别了

感谢老师的回复，我现在去算一算二者的差别。我很疑惑两种方式的计算原理的区别，我个人理解的是，pullx包括反应坐标的概率分布，这和自由能是直接相关的，应该直接用pullx。但是我在论坛里查了所有关于计算pmf的提问，大家都是通过pullf得出pmf曲线，所以很疑惑，这样算是不是有什么精度问题的限制所以用pullf进行。