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发表于 Post on 2024-6-30 20:04:18 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

|倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

按照教程https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/已成功安装gmx_mmpbsa
输入以下命令报错：mpirun -np 16 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md_50.tpr -cp topol.top -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md_noPDB.xtc -o energy.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -nogui && gmx_MMPBSA --clean

报错为：MoleculeError: Cannot bond two virtual sites/extra points together

请各位大神帮帮忙！！！

md_50.tpr

1.29 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

topol.top

447.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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