gmx rmsf中的-ox和-oq选项生成的pdb文件有什么不同？

12313 · 发表于 Post on 2024-6-27 11:20:00

各位老师好，我是新手，最近在官网上学习gmx rmsf指令，其中官网对于-ox和-oq选项的解释自己不是很了解，比如各自生成的pdb文件有什么不同

student0618 · 发表于 Post on 2024-6-27 12:30:16

本帖最后由 student0618 于 2024-6-27 12:36 编辑

oq 的pdb 結構是你自己給的。
ox 的pdb 結構是 gmx 算出來的，根據軌跡算的average structure
以下截自 https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-rmsf.html

12313 · 发表于 Post on 2024-6-27 20:56:01

student0618 发表于 2024-6-27 12:30
oq 的pdb 結構是你自己給的。
ox 的pdb 結構是 gmx 算出來的，根據軌跡算的average structure
以下截自 ...

好的，谢谢老师

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