gmx如何构建三氧化二铁纳米小球的itp和gro文件？

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-4 19:47:16

本帖最后由 chuxuedexiaobai 于 2024-7-5 10:12 编辑

想请教各位老师和前辈，我看到一篇论文他模拟了fe2O3纳米小球对一些分子的影响，但是他用的是LAMMPS，我想问问这个FE2O3纳米小球有没有什么方法能够简便的得到gmx的itp和gro文件呢。望各位前辈指点，非常感谢。

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-7-4 21:40:51

http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 你值得拥有

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-5 09:36:35

没有叫LAMMAMP的东西。尊重每一个，特别是免费程序的名字

sobtop轻易创建

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-5 10:11:35

sobereva 发表于 2024-7-5 09:36
没有叫LAMMAMP的东西。尊重每一个，特别是免费程序的名字

sobtop轻易创建

好的老师，抱歉，打错了

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-5 10:13:01

Lance先生发表于 2024-7-4 21:40
http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 你值得拥有

感谢，感谢

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-7-5 13:59:14

Fe2O3比较适合用Buckingham势，如果你一定要用LJ形式（如你所说你需要和有机分子混合，但gromacs不支持LJ和BK的混用），你可以有几种办法：
1. 手动将文献中Fe-O的BK势拟合成LJ的形式，用BK势的原子电荷。键长和键角用晶体结构的平衡键长和键角，给一个较大的力常数约束结构，不需要二面角。
2. 采用ClayFF力场里面的Fe和O的LJ参数，结合Qeq电荷，其他同上。
3. 采用UFF力场里面Fe3+和O的LJ参数，其他同上。

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-5 14:30:00

本帖最后由 chuxuedexiaobai 于 2024-7-5 14:31 编辑

slxc920113 发表于 2024-7-5 13:59
Fe2O3比较适合用Buckingham势，如果你一定要用LJ形式（如你所说你需要和有机分子混合，但gromacs不支持LJ和 ...

非常感谢，然后有几个问题还想请教您一下。
1.如果我用sobtop直接生成fe2o3纳米团簇的UFF力场的LJ参数，在模拟时我想用gromos54A7的话会不会有兼容的问题呀，UFF力场参数和gmx自带的gromos54a7可以兼容嘛。
2.使用UFF力场参数的LJ，电荷还是用BK电荷嘛。
3.键长键角用较大的力常数约束是要怎么设置那，是在mdp文件用lincs直接约束嘛。

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