如何确定MD模拟中受体与配体间距离，以保证两者能发生结合的结果比较合理

chenmoya

我目前用gromacs预测膜蛋白与配体（多肽）相互作用的步骤是先用alphafold（af）预测蛋白与配体间的作用，然后再用charmm-gui构建膜系统，最后再跑gromacs，最近我想尝试拉远一下蛋白与配体间的距离，延长模拟的时间来看蛋白与配体会不会随着时间的延长而有相互再用，但是我自己随意拉了一个距离，跑了400ns，两者结合的趋势特别小，后面我分析了一下可能的原因：因为我之前af预测出来的结构分析了相互作用主要是疏水作用为主，并且我粗略比了一下，相比于af预测出来的结果水平拉远了15埃左右，所以我在想会不会是因为拉动的距离太大了，故此想求助一下各位老师有没有相关的经验，这个拉动的距离在什么范围得到的模拟结果会比较合理，或者是有没有相关的资料或文献推荐我去了解。

student0618

I assume you try to simulate the binding process of the peptide?

If you use conventional MD it can be difficult to sample the process even in microsecond scale, and the sampling can still be insufficient.

Probably better to use some enhanced sampling technique like metadynamics. Less ideal but umbrella sampling along a specific coordinate may also help.

Or other techniques designed to sample peptide binding like GaMD (not in gmx)

student0618

If you just want a reasonable binding mode and don't need the binding process, then inspect the prediction of the alphafold model, and maybe run MD to see if its stable.

低调的板凳

多肽（较大的）-蛋白这种体系，普通MD一般只能用来验证对接模式的可靠性。 你这种情况感觉是本身预测的对接可靠性还可以了，所以后续的MD没有较大的变化。

如果你想知道结合过程，那参考楼上的回答，应该考虑试用metaMD，把配体放在蛋白一定距离处，设置一个合适的高斯函数使其向蛋白靠近，去分析这一过程。

如果你是想加速考察复合物的稳定性，可以用REMD（如REST)去加速稳定性考察。

chenmoya

student0618 发表于 2024-7-6 18:53
I assume you try to simulate the binding process of the peptide?

If you use conventional MD it c ...

Thanks for the reply, I'm going to try this way

chenmoya

低调的板凳 发表于 2024-7-8 10:15
多肽（较大的）-蛋白这种体系，普通MD一般只能用来验证对接模式的可靠性。 你这种情况感觉是本身预测的对接 ...

谢谢老师，我去看一下metaMD