GMX添加amber14sb力场之后出现的问题

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-1-2 17:42:37

GMX2016自带的Amber力场最高只到03，我从GMX官网的user contributions区域下载了amber14sb，解压之后放在 .../share/gromacs/top里面，但pdb2gmx还是找不到这个力场。

我用gmx pdb2gmx ... -ff amber14sb ，倒是找到了这个力场，但后面 grompp 总是出现诸如此类的错误：

ERROR 1 [file topol.top, line 43940]:
No default Improper Dih. types
ERROR 2 [file topol.top, line 44198]:
No default Improper Dih. types

检查了top文件，这两行定义的二面角分别是
line 43940 ： Lys261 C - His262 CA - His262 N - His262 H
line 44198 ： Val337 C - His338 CA - His338 N - His338 H

我试了几个PDB结构，都有类似的错误。但如果改用amber03力场就没有这种错误。

请问老师，这是不是我添加新力场时漏掉了什么配置导致的？还是我的结构有问题？
谢谢

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-1-2 20:21:47

搞明白了，是因为 His262 和 His338 被自动设置成了HISD，这个amber14sb里面应该是缺少HISD的这个二面角定义。
如果把这两个组氨酸设置成HISE就不报错了。但这毕竟只是权宜之计。。。

会不会是因为这个amber14sb上传得比较早（23 Dec 2015），缺了这个参数；此后的版本会不会已经补上了呢？

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-3 00:32:59

05:27, 5 Dec 2017有新上传的amber14sb_parmbsc1.ff.tar.gz可以试试

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-1-3 10:15:41

sobereva 发表于 2018-1-3 00:32
05:27, 5 Dec 2017有新上传的amber14sb_parmbsc1.ff.tar.gz可以试试

昨晚已经试过了，这个力场pdb2gmx可以直接找到，不用 -ff 了，但是这个二面角问题仍未解决。

记得您说过，模拟蛋白的话，amber力场里面 14SB最好，那gmx2016自带的amber03、amber99SB-ILDN比14SB差别大吗？
从前一直用Gromos96 54A7，这个怎么样，有没有必要换amber14SB啊？

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-3 12:29:07

霜晨月发表于 2018-1-3 10:15
昨晚已经试过了，这个力场pdb2gmx可以直接找到，不用 -ff 了，但是这个二面角问题仍未解决。

记得您说 ...

54A7完全可以用
14SB原理上比99SB-ILDN好点

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-1-3 16:37:54

sobereva 发表于 2018-1-3 12:29
54A7完全可以用
14SB原理上比99SB-ILDN好点

54A7做蛋白还好，如果做小分子-蛋白复合物的话，配套的小分子力场可能不如antechamber。
我知道有两个工具 ViennaPTM 和 ATB ，可以生成用于Gromos96 54A7的小分子力场，Sob老师您了解吗？可靠性好吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-4 00:26:11

霜晨月发表于 2018-1-3 16:37
54A7做蛋白还好，如果做小分子-蛋白复合物的话，配套的小分子力场可能不如antechamber。
我知道有两个工 ...

ViennaPTM不知道
ATB有关信息看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-1-4 12:41:28

sobereva 发表于 2018-1-4 00:26
ViennaPTM不知道
ATB有关信息看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

知道了，谢谢老师

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-9-11 22:50:26

amber14sb的二面角轉換的時候順序錯了
把
CT CV CC NA 4 180.00 4.60240 2
改成
CT CC CV NA 4 180.00 4.60240 2
就行

ngaoo · 发表于 Post on 2023-12-26 10:06:09

霜晨月发表于 2018-1-3 10:15
昨晚已经试过了，这个力场pdb2gmx可以直接找到，不用 -ff 了，但是这个二面角问题仍未解决。

记得您说 ...

请问你怎么设置的用pdb2gmx就找到了amber14sb力场

那年冬天风在吹 · 发表于 Post on 2023-12-29 22:03:16

ngaoo 发表于 2023-12-26 10:06
请问你怎么设置的用pdb2gmx就找到了amber14sb力场

amber14sb好像会被识别为amber99sb-ildn，gromacs网站下的amber14sb里面那个doc文档描述的是amber99sb-ildn，不知道怎么回事

天下第一大美女 · 发表于 Post on 2024-1-19 14:33:07

那年冬天风在吹发表于 2023-12-29 22:03
amber14sb好像会被识别为amber99sb-ildn，gromacs网站下的amber14sb里面那个doc文档描述的是amber99sb-il ...

我也是这个问题，有什么好的解决方法嘛！
（我现在是把原来的amber99sb-ildn删了，这样就可以直接选amber14sb力场了）

elloit · 发表于 Post on 2024-4-4 20:58:05

天下第一大美女发表于 2024-1-19 14:33
我也是这个问题，有什么好的解决方法嘛！
（我现在是把原来的amber99sb-ildn删了，这样就可以直接选ambe ...

把forcefield.doc文件的第一行改一下就可以了

爱喝茶 · 发表于 Post on 2024-7-11 14:09:37

wuzhiyi 发表于 2019-9-11 22:50
amber14sb的二面角轉換的時候順序錯了
把
CT CV CC NA 4 180.00 4.60240 2

亲测可用

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