RERUN计算相互作用能时如何处理片段？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-7-9 21:25:25

各位前辈好！

我有两个分子分别叫AAA和BBB，如图所示：

我想计算AAA分子的头基部分（head-AAA）和BBB分子的头基部分（head-BBB）的相互作用能，使用能量组设置cutoff来计算可以么？
为什么这样计算得到的能量，14相互作用不为0呢？（是因为选择片段的原因么？）
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-10 15:51:52

“设置cutoff”语义不明
恰当设置能量组就可以
1-4作用不为0说明组的定义有问题

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-7-10 19:59:05

sobereva 发表于 2024-7-10 15:51
“设置cutoff”语义不明
恰当设置能量组就可以
1-4作用不为0说明组的定义有问题

谢谢社长！
我没有表达清楚。
我的意思是设置能量组，以及将rvdW和rcoulomb的cutoff设置为4 nm，这样对于将一个分子拆分为多个片段来计算片段间的相互作用也是可以的么？

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-10 23:20:41

社会主义小战士发表于 2024-7-10 19:59
谢谢社长！
我没有表达清楚。
我的意思是设置能量组，以及将rvdW和rcoulomb的cutoff设置为4 nm，这样对 ...

不合适，除非分子里两个片段相隔超过3个键。
另可参考下文里关于基于力场计算片段间相互作用的讨论
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

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