用ONIOM优化一个比较大的分子，优化后的结构和原始晶体中的结构的一侧有较大的扭转

Zzz1126 · 发表于 Post on 2024-7-13 18:42:29

大家好，我有个问题想要请教一下，我最近想要用oniom（QM:MM）去优化一个比较大的分子（有114个原子），但问题是基态优化后的结构和原始晶体中抠出的分子结构的一侧有比较大的扭转，有什么办法可以限制这个扭转吗，下面是我的计算步骤：
1、设置超胞，然后取中心分子限制性优化，然后得到chelpg电荷
2、设置双层oniom，冻结外层分子，按您之前的博文http://sobereva.com/332设置背景电荷后优化基态结构 #p opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-13 19:22:05

仔细看下文，弄清楚这是不是必然的。本来孤立状态和晶体环境就有很大差别
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

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[Gaussian/gview] 用ONIOM优化一个比较大的分子，优化后的结构和原始晶体中的结构的一侧有较大的扭转