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[新手求助] g16优化酶活性位点过程中各优化指标在不断振荡而不收敛

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本帖最后由 氪铷锶钇 于 2024-9-2 09:23 编辑

我对一个酶的活性位点根据文献构造的模型,对其进行了一个非天然氨基酸的取代,在优化过程中发现total energy,RMS grandient norm等优化结果都呈现震荡而非收敛,请问各位老师我应该做哪些调整?
我的输入关键字:
%nprocshared=48
%mem=500GB
#p opt=cartesian b3lyp/6-31g(d) scrf=read em=gd3bj g09defaults

.....

eps=4

感谢各位老师

capture_20240902091516548.png (249.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

输出结果(其他结果也和这几个类似在震荡)

输出结果(其他结果也和这几个类似在震荡)

capture_20240902092202540.png (232.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

输出结果

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A-Asu.gjf

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2#
发表于 Post on 2024-9-2 10:43:33 | 只看该作者 Only view this author
写g09defaults没意义

当前只是eps=4的溶剂,优化时考虑溶剂模型不仅浪费时间,还没什么意义,还容易由于数值噪音导致难收敛

用簇模型计算酶的时候应当冻结截断处的原子,下文说了
要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

有用的做法该说的都说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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