求助如何限制系统中部分水分子

Caril

gromacs新手小白，学习研究甲烷水合物在水中分解，想知道如何限制甲烷水合物中水分子的位置。我的思路是用make ndx创建一个索引组，索引组选择的是水合物中的水，然后对其进行restraint限制，但是在进行nvt模拟生成tpr文件时，有如下报错
ERROR 1 [file sol_posre.itp, line 5]:  Atom index (19874) in position_restraints out of bounds (1-4).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "position_restraints" section to the right molecule.
去除对水的限制，就能正常运行，向各位大佬求助

sobereva

最简单的做法是mdp里用freeze设置，将这些水设为冻结组。用位置限制虽然可以但略麻烦，还得把水合物中的水和其它水分成两个不同的分子类型。

Caril

sobereva 发表于 2024-6-4 12:50
最简单的做法是mdp里用freeze设置，将这些水设为冻结组。用位置限制虽然可以但略麻烦，还得把水合物中的水 ...

感谢大佬，可能由于gromacs版本2020.3的原因，之前设置冻结跑都会崩溃。我尝试把水定义成两种的分子，itp的是一样的，改名称为HOH，相应的gro文件也改了水合物中水的名称，跑nvt时生成了tpr文件，但是mdrun时报错如下
Fatal error:
The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints.

sobereva

Caril 发表于 2024-6-4 15:57
感谢大佬，可能由于gromacs版本2020.3的原因，之前设置冻结跑都会崩溃。我尝试把水定义成两种的分子，itp ...

一种水的moleculetype里去掉[settles]，用柔性水

Caril

sobereva 发表于 2024-6-4 12:50
最简单的做法是mdp里用freeze设置，将这些水设为冻结组。用位置限制虽然可以但略麻烦，还得把水合物中的水 ...

感谢sob大大，我重新安装了版本，尝试用freeze,用gmx make_ndx指令将水合物中水生成索引组，并在进行nvt生成tpr文件时调用了该索引文件：gmx grompp -f nvt.mdp -p nvt.top -r em_all.gro -c em_all.gro -o nvt_500ps.tpr -n index.ndx
但是最后mdrun后发现所有的水都被冻住了，盒子中的空隙仍然存在，其他水没有运动将其填充。

sobereva

Caril 发表于 2024-6-30 21:52
感谢sob大大，我重新安装了版本，尝试用freeze,用gmx make_ndx指令将水合物中水生成索引组，并在进行nvt ...

没设对而已，诸如序号弄错了

Caril

sobereva 发表于 2024-7-2 19:38
没设对而已，诸如序号弄错了

我也怀疑过，但是note中提示将有多少个原子被冻结，我计算了我想冻结得原子数量，是一致的