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[GROMACS] 求助:gmx density如何得到关于时间的函数

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在查阅文献时,看到一个关于数密度的图,想学习一下是如何得到数据的。
我用gmx density -dens number 指令,得到的数据只有平均坐标和数密度,该如何绘制出和时间相关的图呢?
# Command line:
#   gmx density -f npt_30ns.trr -s npt_30ns.tpr -d z -dens num -sl 40 -b 0 -e 3000 -o 1.xvg
# gmx density is part of G R O M A C S:
#
# GRowing Old MAkes el Chrono Sweat
#
@    title "Partial density"
@    xaxis  label "Average coordinate (nm)"
@    yaxis  label "Number density (nm\S-3\N)"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "ch4"
    0.255167          1.93843
    0.765501          4.25476
     1.27584          3.01063
     1.78617          5.08581
      2.2965          5.51407
     2.80684          4.64812
     3.31717          5.53088

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发表于 Post on 2024-7-26 05:39:27 | 只看该作者 Only view this author
写个shell脚本,调用特定命令依次循环处理不同时间区段(例如gmx的轨迹处理相关命令用-b、-e指定时间范围),提取结果并作图
如果没shell脚本编写常识,参考下文
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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