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[GROMACS] 求助gromacs在nvt中真空层在中间,盒子两头是两块分子,是什么原因导致的呢?

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我延长z轴想要获得真空层去跑nvt,一般来说,分子在中间,真空层在两端。但我发现我的真空层在中间,盒子两头是两块分子,请教各位老师,这是什么原因导致的呢

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发表于 Post on 2024-12-5 01:58:41 | 只看该作者 Only view this author
截图说事。初始结构图也一起给出
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 18:34:52 | 只看该作者 Only view this author
em之后的分子还没散开,并且模拟结束已通过轨迹矫正,还是出现这样的问题

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202412051831291352..jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 18:37:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 01:58
截图说事。初始结构图也一起给出

发在下面了,请各位老师指正

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发表于 Post on 2024-12-5 19:47:05 | 只看该作者 Only view this author
看轨迹动画弄清楚是怎么回事
如果没开消平动,开开
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-6 18:15:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 0226 于 2024-12-6 18:25 编辑

谢谢老师的解答,已经按照您的回答做出了措施
1,eq的轨迹中第一帧就开始散开了
2,已经在mdp文件中加入了消除平动
但问题依然没有解决,以下是我所用的文件 我的体系是苯环 需要扩真空研究界面性质
使用力场为opls aa   top文件是拿之前gaff力场的top文件改的
可以请老师再帮忙看看哪里有问题吗

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