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[CP2K] 求助,cp2K中原子固定

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老师,您好,


使用Multiwfn生成cp2K的输入文件,可以通过原子编号,或者原子种类,进行固定,

但是对于表面结构,使用MS切出来,保存成cif后他的原子排序并没有按照z轴方向进行排序,手动改很麻烦,

请问有什么方便的方法吗?

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发表于 Post on 2021-5-21 14:27:12 | 只看该作者 Only view this author
对于目前最新的Multiwfn版本,在CP2K输入文件产生界面里,选-11 Enter the interface for geometry operations,然后13 Reorder atom sequence,然后3 Reorder according to Z coordinate (small to large),原子序号就按照Z排序了(用选项0 Visualize current geometry可以看到当前的序号)。之后退回之前的CP2K界面继续产生输入文件即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-21 14:46:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-5-21 16:02 编辑
sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本,在CP2K输入文件产生界面里,选-11 Enter the interface for geometry operati ...

嗯 好的  谢谢老师



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-21 16:04:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本,在CP2K输入文件产生界面里,选-11 Enter the interface for geometry operati ...

老师,您好,

我cif文件中上下的终端原子都是Mg,使用Multiwfn创建cp2k的输入文件,并且对原子的z方向进行排序时,得到的末端原子是O,请问是怎么回事呢?


MgAl-4-1.cif (58.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)     MgAl-4-1.inp (25.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)


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发表于 Post on 2021-5-21 19:55:57 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-5-21 16:04
老师,您好,

我cif文件中上下的终端原子都是Mg,使用Multiwfn创建cp2k的输入文件,并且对原子的z方 ...

是个bug,我已更新了官网上最新版Multiwfn修正了这个问题
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发表于 Post on 2023-11-23 13:07:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本,在CP2K输入文件产生界面里,选-11 Enter the interface for geometry operati ...

sob. 老师,我在用Multiwfn最新版本中没有找到13 Reorder atom sequence,和3 Reorder according to Z coordinate (small to large)!不知道在哪个选项里找到它们?

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发表于 Post on 2023-11-24 01:57:37 | 只看该作者 Only view this author
renj864878110 发表于 2023-11-23 13:07
sob. 老师,我在用Multiwfn最新版本中没有找到13 Reorder atom sequence,和3 Reorder according to Z co ...

CP2K输入文件产生界面里选-11 Enter the interface for geometry operations,就在里面
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发表于 Post on 2023-12-5 21:44:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
对于目前最新的Multiwfn版本,在CP2K输入文件产生界面里,选-11 Enter the interface for geometry operati ...

老师 ,请问要按什么才能退回之前的cp2k界面呢

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发表于 Post on 2023-12-6 07:36:24 | 只看该作者 Only view this author
xtm123 发表于 2023-12-5 21:44
老师 ,请问要按什么才能退回之前的cp2k界面呢

屏幕上的提示写明了
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sobereva 发表于 2021-5-21 14:27
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社长,Multiwfn能不能直接通过结构文件产生inp文件的时候直接对原子进行固定呢?有没有可以是按层固定的功能呢?

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发表于 Post on 2023-12-6 21:59:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-6 07:36
屏幕上的提示写明了

谢谢老师 ,已找到

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发表于 Post on 2023-12-7 02:31:09 | 只看该作者 Only view this author
linyushuang 发表于 2023-12-6 11:26
社长,Multiwfn能不能直接通过结构文件产生inp文件的时候直接对原子进行固定呢?有没有可以是按层固定的 ...


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发表于 Post on 2024-3-26 01:09:00 | 只看该作者 Only view this author

向社长汇报个小bug,这个选项9提示在我这不显示,版本包括23.11跟24.3.25(其他未测试),但是输入9是有功能的。

202403260108367734..png (511.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202403260108367734..png

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发表于 Post on 2024-3-26 14:20:20 | 只看该作者 Only view this author
这是神马事 发表于 2024-3-26 01:09
向社长汇报个小bug,这个选项9提示在我这不显示,版本包括23.11跟24.3.25(其他未测试),但是输入9是有 ...

不是bug

本来算能量计算任务设冻结就没有任何意义,当然不显示

建议看此文http://bbs.keinsci.com/thread-40272-1-1.html
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发表于 Post on 2024-3-26 15:58:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 这是神马事 于 2024-3-26 16:51 编辑
sobereva 发表于 2024-3-26 14:20
不是bug

本来算能量计算任务设冻结就没有任何意义,当然不显示

好的,社长,因为win版本有,以为linux的是bug呢,能力有限并不是挑事

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