请问在gromacs的模拟过程中能否限定盒子内的分子在整个模拟过程中不出盒子？

UTM · 发表于 Post on 2023-1-8 15:05:38

我在模拟的过程中总会有很多的分子跑到盒子外，能否限定整个模拟过程中所有分子不能离开盒子的范围？

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-1-8 17:09:19

一般来说没有这个必要，我想你要的是vmd的pbc wrap或者gmx trjconv命令

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-8 23:38:38

应当明确，是只让记录的轨迹里原子始终在盒子内（即轨迹记录时对PBC考虑的层面的问题），还是实际模拟时就是让原子运动区域处在盒子范围以内，二者截然不同。
前者就修正轨迹的周期性记录方式就完了，前者就是楼上说的，后者需要加限制势或者wall

UTM · 发表于 Post on 2023-1-9 01:23:05

sobereva 发表于 2023-1-8 23:38
应当明确，是只让记录的轨迹里原子始终在盒子内（即轨迹记录时对PBC考虑的层面的问题），还是实际模拟时就 ...

我想表达的是后者。那请问sob老师，如果不对盒子内的原子加以限制让它们不出盒子的话随着模拟的进行就会有大量的溶剂分子逸散到盒子之外，那不就意味着溶液的浓度越来越高吗?（假设我在构建盒子的时候将溶质和溶剂的配比已经按照一定的比例设置好了）这样就不能准确地代表我想要模拟的浓度了呀？

UTM · 发表于 Post on 2023-1-9 01:23:45

fhh2626 发表于 2023-1-8 17:09
一般来说没有这个必要，我想你要的是vmd的pbc wrap或者gmx trjconv命令

不是的，我想表达的是3楼sob老师说的后者，即实际模拟时就是让原子运动区域处在盒子范围以内。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-9 23:24:32

UTM 发表于 2023-1-9 01:23
我想表达的是后者。那请问sob老师，如果不对盒子内的原子加以限制让它们不出盒子的话随着模拟的进行就会 ...

没有你的体系截图和具体构成我没法判断

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-1-10 13:47:21

UTM 发表于 2023-1-9 01:23
不是的，我想表达的是3楼sob老师说的后者，即实际模拟时就是让原子运动区域处在盒子范围以内。

从你说的话看来你没有了解周期性边界的意思。溶剂并不会真正跑出盒子外面，你也不需要添加约束

UTM · 发表于 Post on 2023-1-10 15:14:21

fhh2626 发表于 2023-1-10 13:47
从你说的话看来你没有了解周期性边界的意思。溶剂并不会真正跑出盒子外面，你也不需要添加约束

哦哦，那意思就是溶剂分子跑到盒子外只是视觉上跑到盒子外面了，实际上相当于跑到了旁边的盒子里，实际上盒子里体系总的分子数是不变的吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-1-10 15:39:31

UTM 发表于 2023-1-10 15:14
哦哦，那意思就是溶剂分子跑到盒子外只是视觉上跑到盒子外面了，实际上相当于跑到了旁边的盒子里，实际上 ...

是的，只是视觉上看起来溶剂是散了，对轨迹做wrap就可以把所有分子恢复到盒子里

UTM · 发表于 Post on 2023-1-10 16:09:01

fhh2626 发表于 2023-1-10 15:39
是的，只是视觉上看起来溶剂是散了，对轨迹做wrap就可以把所有分子恢复到盒子里

好的好的，谢谢您。

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[GROMACS] 请问在gromacs的模拟过程中能否限定盒子内的分子在整个模拟过程中不出盒子？