ONIOM怎么对L层指定原子电荷

15whyhq · 发表于 Post on 2016-5-27 09:06:50

本帖最后由 15whyhq 于 2020-1-11 14:21 编辑

我想问：这是我之前用uff算低层，用DFT算H层，L层没有指定电荷的输入输出文件，我现在要指定L层的原子电荷，我应该怎么做

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-27 16:26:42

low级别用力场时，不光是对L层，对于H层的原子也要指定原子电荷，否则等于没有描述H层和L层之间的静电相互作用。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-5-28 10:22:36

恩，那就是说H层和L层都要优化，用优化好的坐标再去算电荷，算电荷的输入文件的关键词帮我看看对不对，非常感谢。
还有个问题是优化H层和L层的方法的选择，因为有6个分子，用我原来的b3pw91优化的话，很难优化出来，所以应该选用什么方法优化，又不影响准确性？
这是算电荷的输入文件

15whyhq · 发表于 Post on 2016-5-28 19:52:42

sobereva 发表于 2016-5-27 16:26
low级别用力场时，不光是对L层，对于H层的原子也要指定原子电荷，否则等于没有描述H层和L层之间的静电 ...

我H层用的是B3PW91，是不是不管H层用的是什么，L层用了力场时就要对H层和L层都指定原子电荷？

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-28 20:37:20

15whyhq 发表于 2016-5-28 19:52
我H层用的是B3PW91，是不是不管H层用的是什么，L层用了力场时就要对H层和L层都指定原子电荷？

是

你应当先看看ONIOM的基础资料，了解原理是什么。

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-28 20:39:43

15whyhq 发表于 2016-5-28 10:22
恩，那就是说H层和L层都要优化，用优化好的坐标再去算电荷，算电荷的输入文件的关键词帮我看看对不对，非常 ...

基本上你这体系用ONIOM(QM:MM)方式100%没戏，早点死心为好。
要算整个体系原子电荷，DFT你又优化不动，只能用半经验先优化，优化完了再做个DFT单点算电荷。
然而原子电荷又是依赖于几何结构的，之后你拿这个电荷用于ONIOM(QM:MM)优化、找过渡态什么的，整体结构一变，又不准了。
切勿把ONIOM当成是个万金油。

虽然还一个办法是把各个分子依次DFT优化并算电荷，然而在整体中分子又会和Br发生明显的电荷转移，于是也没法搞。除非你就近似当Br是带-1电荷，各个分子则带整数的形式电荷。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-5-28 21:23:46

sobereva 发表于 2016-5-28 20:37
是

你应当先看看ONIOM的基础资料，了解原理是什么。

能给一些oniom的基础知识的链接或者课件吗？非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-28 22:15:58

15whyhq 发表于 2016-5-28 21:23
能给一些oniom的基础知识的链接或者课件吗？非常感谢！

看4L
http://bbs.keinsci.com/thread-942-1-1.html

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-6 16:43:07

sobereva 发表于 2016-5-28 20:39
基本上你这体系用ONIOM(QM:MM)方式100%没戏，早点死心为好。
要算整个体系原子电荷，DFT你又优化不动 ...

我可以用HF优化好的结构，算电荷，再指定原子电荷用oniom优化，这样行吗？

用HF优化完后，不用DFT优化了

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-7 05:46:06

15whyhq 发表于 2016-6-6 16:43
我可以用HF优化好的结构，算电荷，再指定原子电荷用oniom优化，这样行吗？

用HF优化完后，不用DFT优 ...

干嘛用HF优化？耗时和杂化泛函在同一水平，精度有明显低于DFT。
DFT优化完了算出原子电荷再用于ONIOM(QM:MM)还有得说。不过若都能用DFT优化得动了，之后再用ONIOM(QM:MM)做些事并没有什么意义。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-25 13:51:01

sobereva 发表于 2016-6-7 05:46
干嘛用HF优化？耗时和杂化泛函在同一水平，精度有明显低于DFT。
DFT优化完了算出原子电荷再用于ONIOM(QM ...

老师，我想问下，用什么方法优化好构型然后再算电荷，再用oniom指定原子电荷计算？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-25 17:43:44

15whyhq 发表于 2016-6-25 13:51
老师，我想问下，用什么方法优化好构型然后再算电荷，再用oniom指定原子电荷计算？

什么意思？没看懂
对有机分子一般B3LYP/6-31G*优化、计算电荷就够了。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-28 19:46:53

本帖最后由 15whyhq 于 2020-1-9 13:04 编辑

sobereva 发表于 2016-6-7 05:46
干嘛用HF优化？耗时和杂化泛函在同一水平，精度有明显低于DFT。
DFT优化完了算出原子电荷再用于ONIOM(QM ...

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-29 03:09:55

15whyhq 发表于 2016-6-28 19:46
老师，我现在用DFT优化我现在的体系，季铵盐离子液体团簇催化，优化到了6分子了，做得很费劲，然后我导师 ...

这我也没办法。如今许多导师对某些问题知之甚少，甚至一窍不通就让学生做，做起来遇到困难也不指导（因为绝大多数情况本身老师也根本不懂细节操作，也不肯花自己的时间），或者得到乱七八糟一堆数据最终也根本没法成文发表。这样的情况我见过很多，这样下去后果就是学生没文章毕不了业，只能延期。

像这个团簇催化，外面加一堆离子液体分子，离反应位点较远根本都对反应位点起不到什么直接影响，而且团簇构型还各种各样，考虑一个大的团簇都很困难更别提考虑很多种团簇结构了。继续做下去只会越陷越深。我见过不少导师突然脑子一热，就让学生做，结果卡住做不动了，又让学生做另一个一拍脑子想出来的点子，结果又卡住了，翻来覆去做的东西换了好几样，一个成果也没出来，时间全白费了。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-6-29 09:38:18

本帖最后由 15whyhq 于 2020-1-9 13:07 编辑

sobereva 发表于 2016-6-29 03:09
这我也没办法。如今许多导师对某些问题知之甚少，甚至一窍不通就让学生做，做起来遇到困难也不指导（因 ...

您觉得用oniom做这个团簇离子液体催化行不行呀？问题在哪呢？
如果用oniom算，第一个问题是我用什么方法优化构型然后好指定电荷? 8分子以上用dft算已经很难了，我不知道用什么方法去优化构型然后指定电荷了？

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