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[GROMACS] 将两个蛋白进行了对接,得到的复合物的RMSD有剧烈变化

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我是先将两个蛋白进行了对接,得到的复合物进行了600ns的模拟,mdp中对protein组使用了comm-mode=angular消除了平动和转动,之后没有对轨迹进行处理,得到的RMSD在前期变动很大,想问下这个是为什么,是不是还需要做轨迹的修正才可以,非常感谢

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发表于 Post on 2024-8-22 21:26:22 | 只看该作者 Only view this author
Likely a jump accross PBC. Use gmx trjconv first.
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2024-8-23 09:27:02 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题,仔细看下文的RMSD的部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-23 09:57:29 | 只看该作者 Only view this author
好嘞,明白了,非常感谢

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