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[VMD] vmd显示分子问题

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各位老师,我有几个问题想问一下:1.vmd显示分子的时候,发现有的甲烷上只连了两个碳原子,有的水分子上只连了一个氧原子,这是为什么呢?应该怎么解决啊?2.在用vmd显示距离某一个分子一定半径范围内的原子的时候,能不能不显示散落的原子,就是可能是有的分子只有一个或两个原子出现在了这个分子周围一定半径内,vmd就只显示了这几个原子,那能不能不显示呢?

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发表于 Post on 2018-11-15 16:45:02 | 只看该作者 Only view this author
1 成键判断问题。距离太远就不当成成键了。可以用dynamics bond方式显示,可以设距离阈值
2 用same fragment as {within ...},使得分子保持完整,此视频利用了这点:
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-15 17:23:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-15 16:45
1 成键判断问题。距离太远就不当成成键了。可以用dynamics bond方式显示,可以设距离阈值
2 用same fragme ...

sob老师,您说的方法我试了,确实可以。但其实问题2我是想问怎么不显示散落的原子,不是显示完整的分子,不知道您有什么好的方法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-15 17:49:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wasngsimin 于 2018-11-15 17:52 编辑
wasngsimin 发表于 2018-11-15 17:23
sob老师,您说的方法我试了,确实可以。但其实问题2我是想问怎么不显示散落的原子,不是显示完整的分子, ...

我懂了 sob老师 把距离调小就可以了 谢谢您!刚才脑子没转过来

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发表于 Post on 2019-9-16 15:22:57 | 只看该作者 Only view this author
wasngsimin 发表于 2018-11-15 17:49
我懂了 sob老师 把距离调小就可以了 谢谢您!刚才脑子没转过来

请问您图中虚线是如何显示的呢

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发表于 Post on 2019-9-17 03:31:10 | 只看该作者 Only view this author
三三33 发表于 2019-9-16 15:22
请问您图中虚线是如何显示的呢

VMD自带的Hbond的drawing method
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-17 11:10:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-17 03:31
VMD自带的Hbond的drawing method

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-8-21 18:48:55 | 只看该作者 Only view this author
请问怎么用vmd选择的这些距离某分子特定距离的原子啊

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发表于 Post on 2024-8-22 01:30:53 | 只看该作者 Only view this author
八力八力卜 发表于 2024-8-21 18:48
请问怎么用vmd选择的这些距离某分子特定距离的原子啊

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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发表于 Post on 2024-8-22 13:45:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-22 01:30
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504(http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

好的谢谢老师

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