计算蛋白质和磷酸钙之间的MMPBSA，MMPBSA.in和索引组应该怎么设置

Willow0114

如题所示，我想计算蛋白质和钙离子之间的MMPBSA，所以我先参照着MMPBSA官网上[color=var(--md-accent-fg-color)]Metalloprotein-ligand中.in文件编写了自己的MMPBSA.in，其中的PBRadii是根据igb模型选择的，默认是3但是这个实例里用的是4，这是为什么呢？如果是用来计算自己的模型，这个参数是根据什么来设置呢？第二个问题就是，我最想计算的是蛋白质和磷酸钙之间的MMPBSA，这个能够实现吗，是在index文件中将钙和磷酸根设定为一组，命令计算时选择对应编号就可以了吗？第三个问题和第二个问题类似，因为像钙离子是系统或者说力场里自带的，但是磷酸根是我自己建模然后添加进去的，如果计算蛋白质和磷酸根之间的MMPBSA，需要除了设定索引之外的操作吗？我也是初学者，问的问题也比较基础，希望大佬们不要嫌弃。