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[GROMACS] 这个二面角应该怎么拟合?

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Level 4 (黑子)

前辈们好!
最近在用GROMACS做一个小分子修饰的蛋白的模拟。
涉及到一个二面角,我根据卢老师之前解答别人做二面角参数化的方法,
先做了二面角扫描,得到了如下结果:

现在我的疑惑是,这应该是个周期性二面角,
力场选择不同对得到的二面角参数是否有影响我还没有进一步研究(但这里的MM data是使用GROMACS基于GAFF力场得到的)
需要对照哪个(函数形式)来进行拟合?

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2#
发表于 Post on 2024-8-28 09:16:14 | 只看该作者 Only view this author
力场用的二面角形式是什么样,在原文里都有说明,用相应的函数形式拟合里面的参数。一篇原文里没有的话再找同系列力场的另外的原文
另外注意,即便两个力场用的函数形式是一样的,由于1-4作用的考虑方式、范德华参数和原子电荷的不同,拟合出来的参数也会有差异。
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