限制蛋白的位置，在进行NVT时报错，提示原子索引超出范围，我应该怎么解决？

Willow0114

如题，我在进行NVT平衡的时候，出现错误说position_restraints 中的原子索引 (919) 超出范围 (1-5)，我应该怎么解决呢？我的蛋白质是胶原，是三条链螺旋组成一条长链，我需要固定3条链的两端的α-C。因为限制的步骤是我看网上东拼西凑的，如果有不规范的地方，请指出。十分感谢！！


首先是通过pdb2gmx进行转换，输入gmx make_ndx -f collagen.gro -o index.ndx创建索引，选择对应固定的原子并重命名。再输入gmx genrestr -f collagen.gro -n index.ndx -o posre_A_N.itp -fc 1000 1000 1000创建itp文件，并在top文件中添加约束文件（添加的位置如图所示，我尝试了2种添加位置均会相同的报错），之后就是常规的加盒子以及离子的操作。
               

sobereva

每个[ position_restraints ]是对离它最近的前面的[ moleculetype ]定义的分子类型生效的，因此里面牵扯的原子序号范围也只能是那个[ moleculetype ]里的（如每个这种分子有5个原子，自然对它做的位置限制不能有大于5的原子序号）。基于这一点仔细检查。

Willow0114

sob老师，我看了一下，位置限定itp里的序号有几个超出对应蛋白质的itp了。因为我在选择哪些需要原子被限制时，是根据蛋白质的gro文件选择的。但是我这个蛋白质是有3条链组成的，经过pdb2gmx后，除了会生成一个整体蛋白的gro文件，还会分别产生3条链的itp文件。我参照gro文件里的原子序号选择了之后，和itp里的原子序号就对不上了，因为每一个itp文件里原子序号都是从1开始。我应该怎么办呢？