gromacs跑完nvt之后分子结构发生变化？

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各位老师同学好，我在跑nvt模拟的时候，分子结构发生了变化，其从直链结构变得有部分蜷缩起来了，但是在研究比结构更长的乙酸丁酯的时候，并没有这种情况，1.想问一下是什么原因导致的？2.我是否需要设置约束相关的二面角？

以下是nvt过程的参数

integrator  = md      
nsteps      = 1000000     
dt          = 0.002     
; Output control
nstxout     = 10000     
nstvout     = 10000      
nstenergy   = 10000     
nstlog      = 10000   
; Bond parameters
continuation            = no   
constraint_algorithm    = lincs   
constraints             = h-bonds
lincs_iter              = 1      
lincs_order             = 4   
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid     
nstlist         = 10      
rcoulomb        = 1.4      
rvdw            = 1.4   
; Electrostatics
coulombtype     = PME      
pme_order       = 4      
fourierspacing  = 0.12     
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale         
tc-grps     =system   
tau_t       = 1.0               
ref_t       = 253

; Pressure coupling is off
pcoupl              = no   
pcoupltype          = isotropic         
tau_p               = 2.0            
ref_p               = 10                 
compressibility     = 4.5e-5            
refcoord_scaling    = no
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz     
DispCorr    = EnerPres  
gen_vel     = no   

sobereva

该什么样就什么样。本来动力学就是一种构象采样的手段，下文正是利用这一点来做构象搜索
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html