gromacs 计算出的分子间相互作用能数据不对是什么原因

Sunca

我的体系是10条糖链和水，10条糖链的组成完全相同，用rerun建立能量组计算得到的糖链之间的Coul-SR,发现第一条链跟其他链的Coul-SR值（mol1-mol2,mol1-mol3,.....mol1-mol10）和其他链之间(mol2-mol3,......)的值大小差异明显，正负号都不一样，既然是相同的10条链，至少正负号应该相同才对啊，这可能是什么原因导致的？


同样的计算LJ-SR也是第一条链的数据跟其他的不一样，但是计算10条分子链与水的相互作用能后发现第一条链的数据跟其他的又差不多。
我检查了我的索引文件设置没有问题。
我的体系是用一条链的pdb文件然后用gmx insert-molecules -ci KGM48.pdb -box 16.5 16.5 16.5 -nmol 10命令复制并建10条链的盒子，所以top文件是只有一条链的top，即atoms 1-517，然后[ molecules ]   nmol 修改为10    ,gro文件里面是10条链的信息都有，atoms 1-5170。然后我建立索引的时候是按原子顺序1-517为mol1,518-1034为mol2,......,所以我的相互作用能计算出来有问题可能是这个原因导致的吗，如果不是该怎么解决呢？

sobereva

首先先注意北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里说的相关问题：


确保这些注意到了之后，取某单帧结构，将组间相互作用能的结果和结构图相对照，一点点弄清楚怎么回事

Sunca

sobereva 发表于 2024-8-28 09:09
首先先注意北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的pp ...

老师您好，模拟时的coulomb我是用的pme，r=1.2, rerun计算能量时我改为了cutoff，r=6（我是13nm的立方体盒子），然后cutoff-scheme=group当时我尝试了但是提示已经不支持了（我用的2024.2版gromacs），我就用的verlet。
然后我把要计算的链单独提取出来，rerun的mdp设置和模拟一样，没有修改pme和截断半径，计算得到的数据，发现前面得到的分子1和分子2之间的Coul-SR（18000左右）跟现在算出来的分子1和分子2的体系总的Coul-SR（也是18000左右）相近，而之前2-3之间的Coul-SR和这次的2-3之间的Coul-SR数据差不多
1.这能否说明就是前面计算时与第一条链相关的数据不对，而其他的数据是对的？
2.前面计算的分子间能量跟这一次两分子的总能量差不多，为什么会有这种错误？错误原因是什么？我检查了索引文件没有问题阿，而且两次计算我都是用的同一个索引文件。